Передайте команды и результаты R из цикла for в файл

Мы хотим записывать команды и результаты R-скрипта в текстовый файл отчета. Канал в текстовый файл хорошо работает с sink(), но не в цикле for.

Скрипт вызывается с

source("myscript.r",echo=TRUE)

Нам нужен цикл для последовательного извлечения всех строк data.frame в вектор и выполнения некоторого векторного анализа с каждым вектором. Вот краткий пример:

#pipe output to file
sink("myfile.txt",append=TRUE,split=TRUE)
#some data
c1<-rnorm(10,mean=90,sd=10) 
c2<-rnorm(10,mean=75,sd=8)
c3<-rnorm(10,mean=98,sd=12)
#data in a data.frame
cData<-data.frame(c1,c2,c3)
#print data.frame
cData  
#loop over frame 
for (i in 1:ncol(cData))  
{
  #extract vector
  x<-cData[,i]
  #do something with vector
  n = length(x)
  #... more code
  #print result
  print(n)    
}
#close output
sink()

Я пробовал это с sink() и txtStart(), но sink() усекает команды и помещает результаты после цикла, txtStart(), похоже, повторяет команды, но не результаты.

Смотрел еще на brew, но мне нужен только текстовый файл, ничего не форматированный.


r logging loops pipe
person Michael    schedule 13.01.2010    source источник

Ответы (3)


arrow_upward
0
arrow_downward

Несколько мыслей:

Результаты, поступающие после цикла, являются стандартным способом R для предоставления вывода, потому что R не выполняет цикл до тех пор, пока выражение не будет завершено. Это не проблема, характерная для sink. Чтобы увидеть это, выполните весь свой фрагмент кода, кроме команд sink (чтобы вывод попадал в консоль R), и вы увидите тот же эффект. Для ясности можно добавить строку типа

cat("Results for iteration", i, "\n")

в начале вашего цикла for.

Как отметил Джуба, вам, похоже, не нужен цикл for в этом случае, либо векторизация, либо apply были бы лучше.

Стандартный способ объединения кода и вывода в какую-либо форму отчета в R — использовать Sweave. Это создаст разметку Latex, которую вы затем сможете скомпилировать в документ PDF или PostScript (с небольшими усилиями, если у вас настроены некоторые инструменты Latex). Очевидным преимуществом этого является то, что вы также можете включать цифры.

РЕДАКТИРОВАТЬ: Существует также пакет brew для смешанного текста. и отчет по коду.

person Richie Cotton    schedule 15.01.2010
comment
Я согласен, усечение стандартно для R и экономит бумагу, но для моего отчета нужен полный исходный код. Кстати говоря, код R можно было бы векторизовать, но алгоритмы исходят из стандартов тестирования материалов и их легче понять (читателю отчета), когда они реализованы в цикле for. Наконец, я попробовал Sweave: он работает намного лучше, чем я себе представлял, и LaTeX-Output выглядит великолепно. - person Michael; 15.01.2010

arrow_upward
2
arrow_downward

Я бы рекомендовал не думать о

source("myscript.r",echo=TRUE)

а скорее с точки зрения Rscript (который идет с R)

Rscript myscript.r     # on windows, linux or os x

или с точки зрения littler

r myscript.r           # on linux or os x

Это дает вам возможность запрашивать параметры командной строки (через пакеты CRAN getopt и optparse) и многое другое.

person Dirk Eddelbuettel    schedule 13.01.2010

arrow_upward
0
arrow_downward

Я не уверен, что точно понимаю, чего вы хотите, в частности, почему вы хотите поместить исходный код в свой текстовый файл.

Во-первых, лучше использовать семейство функций *apply для просмотра фрейма данных вместо цикла for, особенно lapply и sapply.

С помощью следующего кода вы получите три разных представления вашего вывода. Первый должен быть похож на то, что вы получаете с вашим кодом. Второй и третий немного отличаются, они выводят значения в виде списка или фрейма данных.

sink("/tmp/myfile.txt", append=TRUE, split=TRUE)

myfunc <- function(v) {
  variance <- var(v)
  mean <- mean(v)
  return(list(variance=variance,mean=mean))
}

myotherfunc <- function(v) {
  cat("And the mean is:\n")
  print(mean(v))
  cat("And the variance is:\n")
  print(var(v))
}

# results printed directly
invisible(lapply(cData, myotherfunc))

# results as a list
lapply(cData, myfunc)

# results as a data frame
sapply(cData, myfunc)


sink()

Во всяком случае, я не знаю, может ли один из этих выходов быть тем, что вы ищете.

person juba    schedule 13.01.2010
comment
Мне нужен текстовый отчет, который можно распечатать и прикрепить к документации. Этот отчет должен содержать фрейм данных, исходный код и результаты, чтобы можно было проверить результаты вручную. lapply(cData,myfunc) будет работать, но если myfunc содержит какие-либо условия (for, if...), распечатка кода внутри for/if усекается, например: › myfunc ‹- function(v) { + n‹ -length(v) + if (n›5) + { + дисперсия ‹- var(v) + среднее ‹- среднее(v) + return(list(дисперсия=дисперсия,среднее=среднее)) + .... [ TRUNCATED] › # результатов в виде списка › lapply(cData, myfunc) $c1... Спасибо за помощь. - person Michael; 15.01.2010