R ttest цикл по группирующей переменной с использованием tidy

Я видел очень похожие вопросы, но до сих пор не могу понять эту простую проблему.

Я хочу запустить парные t-тесты для группирующей переменной и сохранить результаты в фреймворке данных. Команда tidy в пакете broom делает это, но когда я запускаю приведенный ниже код, вывод будет одинаковым для каждого момента времени. Я знаю, что могу сделать это с помощью цикла, но я хочу использовать здесь tidy и понимать, что происходит.

Вот воспроизводимый пример:

library(dplyr)
library(broom)
df <- data.frame (time1=rep(1:4,30),
              sbp=runif(120, 100, 150),
              sbp1=runif(120, 120, 170))

R>head(df)
  time1      sbp     sbp1
1     1 146.9411 151.4842
2     2 102.7216 139.3380
3     3 125.7126 167.1806
4     4 126.0086 146.2177
5     1 149.9213 139.7968
6     2 117.6843 135.2726   



 z<-df %>%
 arrange(time1) %>%
 group_by(time1) %>%
 do(tidy(t.test(df$sbp,df$sbp1,paired=TRUE)))

Результирующий результат одинаков для каждого момента времени:

R>head(z)
Source: local data frame [4 x 7]
Groups: time1 [4]

  time1  estimate statistic      p.value parameter  conf.low conf.high
  (int)     (dbl)     (dbl)        (dbl)     (dbl)     (dbl)     (dbl)
1     1 -22.48413 -11.69648 1.660608e-21       119 -26.29047 -18.67779
2     2 -22.48413 -11.69648 1.660608e-21       119 -26.29047 -18.67779
3     3 -22.48413 -11.69648 1.660608e-21       119 -26.29047 -18.67779
4     4 -22.48413 -11.69648 1.660608e-21       119 -26.29047 -18.67779

Я уверен, что есть простое решение, но не уверен, что это такое, любые предложения были бы отличными. Спасибо


r tidy broom
person user63230    schedule 12.04.2016    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
6
arrow_downward

Если вы хотите сослаться на набор данных, используемый внутри dplyr, вам нужно использовать .:

z <- df %>%
       arrange(time1) %>%
       group_by(time1) %>%
       do(tidy(t.test(.$sbp, .$sbp1,paired=TRUE)))     
Source: local data frame [4 x 7]
Groups: time1 [4]

  time1  estimate statistic      p.value parameter  conf.low conf.high
  (int)     (dbl)     (dbl)        (dbl)     (dbl)     (dbl)     (dbl)
1     1 -22.45646 -6.339261 6.307292e-07        29 -29.70157 -15.21135
2     2 -19.85310 -4.346528 1.550448e-04        29 -29.19485 -10.51136
3     3 -21.00503 -5.996117 1.609850e-06        29 -28.16968 -13.84037
4     4 -23.56341 -6.037170 1.438441e-06        29 -31.54606 -15.58077

Обращаясь к df$sbp, вы игнорируете группировку, выполненную dplyr, и каждый раз используете для завершения набора данных. Это объясняет, почему подобранный t-критерий каждый раз один и тот же.

person Paul Hiemstra    schedule 12.04.2016