Быстрый способ сравнения входных потоков

Безусловно, я предпочитаю использовать вспомогательный класс org.apache.commons.io.IOUtils из библиотеки Apache Commons IO:

IOUtils.contentEquals( is1, is2 );

Что-то вроде этого может сделать:

private static boolean isEqual(InputStream i1, InputStream i2)
        throws IOException {

    ReadableByteChannel ch1 = Channels.newChannel(i1);
    ReadableByteChannel ch2 = Channels.newChannel(i2);

    ByteBuffer buf1 = ByteBuffer.allocateDirect(1024);
    ByteBuffer buf2 = ByteBuffer.allocateDirect(1024);

    try {
        while (true) {

            int n1 = ch1.read(buf1);
            int n2 = ch2.read(buf2);

            if (n1 == -1 || n2 == -1) return n1 == n2;

            buf1.flip();
            buf2.flip();

            for (int i = 0; i < Math.min(n1, n2); i++)
                if (buf1.get() != buf2.get())
                    return false;

            buf1.compact();
            buf2.compact();
        }

    } finally {
        if (i1 != null) i1.close();
        if (i2 != null) i2.close();
    }
}

Использование буферизованного чтения - это просто вопрос обертывания InputStreams с помощью BufferedInputStreams. Однако вы, вероятно, добьетесь максимальной производительности при одновременном чтении больших блоков.

private boolean isEqual(InputStream i1, InputStream i2) throws IOException {
    byte[] buf1 = new byte[64 *1024];
    byte[] buf2 = new byte[64 *1024];
    try {
        DataInputStream d2 = new DataInputStream(i2);
        int len;
        while ((len = i1.read(buf1)) > 0) {
            d2.readFully(buf2,0,len);
            for(int i=0;i<len;i++)
              if(buf1[i] != buf2[i]) return false;
        }
        return d2.read() < 0; // is the end of the second file also.
    } catch(EOFException ioe) {
        return false;
    } finally {
        i1.close();
        i2.close();
    }
}

почему бы просто не обернуть оба потока в самом начале вашего метода:

i1 = new BufferedInputStream(i1);
i2 = new BufferedInputStream(i2);

В качестве альтернативы вы можете просто попробовать прочитать оба потока в буфер:

public static boolean equals(InputStream i1, InputStream i2, int buf) throws IOException {
    try {
        // do the compare
        while (true) {
            byte[] b1 = new byte[buf];
            byte[] b2 = new byte[buf];

            int length = i1.read(b1);
            if (length == -1) {
                return i2.read(b2, 0, 1) == -1;
            }

            try {
                StreamUtils.readFully(i2, b2, 0, length);
            } catch (EOFException e) {
                // i2 is shorter than i1
                return false;
            }

            if (!ArrayUtils.equals(b1, b2, 0, length)) {
                return false;
            }
        }
    } finally {
        // simply close streams and ignore (log) exceptions
        StreamUtils.close(i1, i2);
    }
}

// StreamUtils.readFully(..) 
public static void readFully(InputStream in, byte[] b, int off, int len) throws EOFException, IOException {
    while (len > 0) {
        int read = in.read(b, off, len);
        if (read == -1) {
            throw new EOFException();
        }
        off += read;
        len -= read;
    }
}

// ArrayUtils.equals(..)
public static boolean equals(byte[] a, byte[] a2, int off, int len) {
    if (off < 0 || len < 0 || len > a.length - off || len > a2.length - off) {
        throw new IndexOutOfBoundsException();
    } else if (len == 0) {
        return true;
    }

    if (a == a2) {
        return true;
    }
    if (a == null || a2 == null) {
        return false;
    }

    for (int i = off; i < off + len; i++) {
        if (a[i] != a2[i]) {
            return false;
        }
    }

    return true;
}

РЕДАКТИРОВАТЬ: я исправил свою реализацию. Вот так это выглядит без DataInputStream или NIO. Код доступен на GitHub или на Репозиторий снимков OSS Sonatype Maven:

<dependency>
  <groupId>at.molindo</groupId>
  <artifactId>molindo-utils</artifactId>
  <version>1.0-SNAPSHOT</version>
</dependency>