Java - удалить строку из текстового файла, перезаписав ее при чтении

Как указывали другие, вам может быть лучше использовать временный файл, если есть малейший риск сбоя вашей программы на полпути:

public static void removeNthLine(String f, int toRemove) throws IOException {

    File tmp = File.createTempFile("tmp", "");

    BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(f));
    BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new FileWriter(tmp));

    for (int i = 0; i < toRemove; i++)
        bw.write(String.format("%s%n", br.readLine()));

    br.readLine();

    String l;
    while (null != (l = br.readLine()))
        bw.write(String.format("%s%n", l));

    br.close();
    bw.close();

    File oldFile = new File(f);
    if (oldFile.delete())
        tmp.renameTo(oldFile);

}

(Остерегайтесь небрежного обращения с кодировками, символами новой строки и обработкой исключений.)

Однако я не люблю отвечать на вопросы фразой «Я не скажу вам, как это сделать, потому что вы все равно не должны этого делать.». (В некоторых других ситуациях, например, вы можете работать с файлом, который больше половины вашего жесткого диска!) Итак, вот:

Вместо этого вам нужно использовать RandomAccessFile. Используя этот класс, вы можете читать и писать в файл, используя один и тот же объект:

public static void removeNthLine(String f, int toRemove) throws IOException {
    RandomAccessFile raf = new RandomAccessFile(f, "rw");

    // Leave the n first lines unchanged.
    for (int i = 0; i < toRemove; i++)
        raf.readLine();

    // Shift remaining lines upwards.
    long writePos = raf.getFilePointer();
    raf.readLine();
    long readPos = raf.getFilePointer();

    byte[] buf = new byte[1024];
    int n;
    while (-1 != (n = raf.read(buf))) {
        raf.seek(writePos);
        raf.write(buf, 0, n);
        readPos += n;
        writePos += n;
        raf.seek(readPos);
    }

    raf.setLength(writePos);
    raf.close();
}

Вы не можете сделать это таким образом. FileWriter может только добавлять к файлу, а не записывать в его середину. Вам нужен RandomAccessFile, если вы хотите писать в середине. Что вы делаете сейчас - вы переопределяете файл при первой записи в него (и он становится пустым - поэтому вы получаете исключение). Вы можете создать FileWriter с флагом добавления, установленным в true, но таким образом вы будете добавлять в файл, а не писать в его середине.

Я бы действительно рекомендовал записать в новый файл, а затем переименовать его в конце.

@shelley: ты не можешь делать то, что пытаешься сделать, и более того, ты не должен. Вы должны прочитать файл и записать во временный файл по нескольким причинам, во-первых, это можно сделать таким образом (в отличие от того, что вы пытаетесь сделать), а во-вторых, если процесс будет поврежден, вы можете сбросить без потери исходного файла. Теперь вы можете обновить определенное местоположение файла с помощью RandomAccessFile, но это обычно делается (по моему опыту), когда вы имеете дело с записями фиксированного размера, а не с типичными текстовыми файлами.