Проблема со сканером Java

Не уверен из вашего примера, если у вас ровно 4 String и 4 Integer или более, поэтому должно работать что-то вроде следующего:

List<String> strings = new ArrayList<String>();
List<Integer> ints = new ArrayList<Integer>();

while(scanner.hasNext() && !scanner.hasNextInt()) {
    strings.add(scanner.next());
}
while(scanner.hasNextInt()) { // If you also want to store the ints
    ints.add(scanner.nextInt());
}

public static void main (String [] args)
{
    Scanner sc = new Scanner (System.in);
    int count = 0;
    while (sc.hasNext ())
    {
        String s = sc.next ();
        ++count;
        System.out.println (count + ": " + s);
        if (count == 4) 
            break;
    }
    while (sc.hasNext ())
    {
        int i = sc.nextInt ();
        System.out.println (count + ": " + i);
    }
}

кот это

Foo

Bar

Foobar

Baz

1

2

4

8

Тест: кот дат | Java ScanIt

1: Foo
2: Bar
3: Foobar
4: Baz
4: 1
4: 2
4: 4
4: 8

Из первоначального вопроса у меня, как вы видите, было несколько иное представление о формате файла, но вы видите: я не делаю ничего особенного для новых строк или пустых новых строк.

Так что программа должна работать и у вас.