Быстрый доступ к значениям пикселей в изображениях DICOM

Я пытаюсь сравнить наборы данных изображений DICOM, чтобы выбрать набор данных, наиболее подходящий для объемного рендеринга в opengl. Мне нужны изображения DICOM с r, g, b и альфа-каналами.

Итак, в основном, я хочу такое приложение, как irfanView в Ubuntu, в котором мне просто нужно щелкнуть точку, и я получу соответствующую информацию о пикселях.

Мне не нужна какая-то библиотека С++, такая как itk или dcmtk. я не знаю, как сделать то же самое с imagemagick. Кто-нибудь знает о таком приложении?

Некоторый прогресс: я использую dcmtk (хотя я бы предпочел что-то с графическим интерфейсом) и использую эту команду:

$ dcmdump .dcm Появляется огромный вывод, который выглядит так:

Формат файла Dicom

Dicom-мета-информация-заголовок

Используемый TransferSyntax: Little Endian Explicit (0002,0002) UI =MRImageStorage # 26, 1 MediaStorageSOPClassUID (0002,0010) UI =LittleEndianImplicit # 18, 1 TransferSyntaxUID

Используемый Dicom-Data-Set TransferSyntax: Little Endian Implicit (0008,0005) CS [ISO_IR 100] # 10, 1 SpecificCharacterSet (0008,0008) CS [ORIGINAL\SECONDARY\MPR] # 24, 3 ImageType (0008,0016) UI =MRImageStorage # 26, 1 SOPClassUID (0008,0018) UI [1.3.12.2.1107.5.2.4.7259.20010531113752000010358] # 48, 1 SOPInstanceUID (0008,0020) DA [20010302] # 8, 1 StudyDate

и так далее.... до...

(7fe0,0010) OW 0000\0000\0000\0000\0000\0000\0000\0000\0000\0000\0000\0000\0000... # 131072, 1 PixelData

которая является последней строкой в ​​этом выводе. Это та информация, которую я ищу. но как мне извлечь полные данные пикселя, а не только их крошечную выборку?


opengl dicom
person Spectre    schedule 13.06.2012    source источник
comment
Вы ищете готовое приложение, поддерживающее эту функцию, или вам нужна библиотека, которую вы можете подключить к своему собственному приложению для выбора наборов данных?   -  person Anders Gustafsson    schedule 13.06.2012
comment
Готовое приложение, чтобы я мог быстро увидеть, какие значения rgba в разных пикселях... так же, как в irfanview, если это возможно   -  person Spectre    schedule 13.06.2012

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Я не знаю ни одного бесплатного редактора изображений DICOM с такой функциональностью, поэтому я рекомендую вам сделать это в два этапа:

  • Используйте инструмент для преобразования изображения DICOM в обычный формат изображения, например dcm2pnm, который доступен в виде предварительно скомпилированного бинарного файла в бинарном дистрибутиве DCMTK (по крайней мере, в дистрибутиве Windows).
  • Используйте любой инструмент для просмотра и редактирования изображений, который вы предпочитаете (например, IrfanView), чтобы изучить выгруженное изображение.
person Anders Gustafsson    schedule 13.06.2012
comment
@Kishore Просто для подтверждения, вы пробовали использовать приложение dcm2pnm для сброса образа? В отредактированном тексте выше вы применили dcmdump. Насколько я знаю, dcmdump не имеет достаточной функциональности для дампа в обычных форматах изображений, таких как JPG, PNG, BMP. Для этого вам понадобится dcm2pnm. - person Anders Gustafsson; 13.06.2012
comment
Привет, я сделал dcmdump ‹filename›.dcm +L Это распечатывает всю информацию в файле .dcm. Но теперь у меня другой вопрос, если он вас заинтересует. Файлы DICOM в основном представляют собой файлы JPEG. Файлы JPEG представляют собой наборы либо значений RGB, либо значений YBR. JPEG явно не предоставляет никакой информации о прозрачности пикселя. В таком случае, как мне визуализировать эти изображения в 3D и ожидать, что изображения будут полупрозрачными, чтобы я мог видеть все важные функции, содержащиеся во внешнем слое? - person Spectre; 13.06.2012
comment
Я считаю, что схему ARGB вообще не следует использовать в изображениях DICOM, видимо, это было вышел из стандарта около 10 лет назад. Я не уверен, что вы можете отдельно создавать дамп различных слоев изображений DICOM; в таком случае это может быть вариант? - person Anders Gustafsson; 13.06.2012