Biopython, PYTHONPATH, проблемы с поиском модулей

Я установил Biopython, но не могу заставить компьютер распознавать модули. Например, я создаю текстовый файл в Komodo следующим образом:

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot=Seq.Seq("AGTACACTGGT",IUPAC.protein)

и запустите его в терминале и получите:

Traceback (most recent call last):
  File "bio.py", line 1, in <module>
    from Bio.Alphabet import IUPAC
ImportError: No module named Bio.Alphabet

Для справки, я также не могу импортировать модули в интерактивном режиме. В документации указано, что я могу добавить путь поиска модуля, экспортировав его в переменную окружения с именем PYTHONPATH (например, с PATH), но когда я набираю «env» в терминале, я не вижу такой переменной окружения. Я биолог, а не компьютерщик или программист. Пожалуйста, смиритесь с моей наивностью, если это звучит как чепуха.


module pythonpath biopython
person Guy Fleegman    schedule 25.06.2012    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
0
arrow_downward

Вы должны найти, в каком каталоге находится нужный вам модуль (Bio), а затем добавить путь к каталогу в PYTHONPATH.

$ export PYTHONPATH=/usr/local/bio-python/

Вместо /usr/local/bio-python/ необходимо указать путь, который вы нашли.

Чтобы найти модуль, вы должны использовать что-то вроде:

$ find / -name \*Bio\*

Это просто пример. Конечно, было бы лучше, если бы вы могли предоставить дополнительную информацию (например, где вы установили модуль и т. д.).

person Igor Chubin    schedule 25.06.2012
comment
Ах хорошо. Похоже, я заставил его работать, установив PYTHONPATH так же, как я установил бы PATH. Теперь мой вопрос: как мне сделать так, чтобы мне не приходилось переназначать переменную PYTHONPATH каждый раз, когда я запускаю bash? - person Guy Fleegman; 25.06.2012
comment
Есть несколько вариантов. Первый: вы можете добавить export PYTHONPATH=/usr/local/bio-python/ к ~/.bash_profile. Второй: вы можете изменить свой скрипт таким образом, чтобы он автоматически добавлял каталог в собственный PATH (sys.path). Есть и другие способы. - person Igor Chubin; 25.06.2012
comment
Еще раз спасибо, Игорь. Я изменил свой .bash_profile, чтобы включить экспорт моего PYTHONPATH. Облака разошлись. - person Guy Fleegman; 26.06.2012
comment
@ user1480431: Как вы установили биопитон? Как правило, если вы правильно установили модуль Python, вам не нужно возиться с PYTHONPATH, чтобы импортировать его, поскольку место установки уже должно быть указано в пути. - person Wooble; 28.06.2012

arrow_upward
-2
arrow_downward

Нажмите кнопку «Пуск», щелкните правой кнопкой мыши мой компьютер, выберите «Свойства», перейдите к «Дополнительно», щелкните «Переменные среды». Затем найдите свою переменную пути и отредактируйте ее, добавив точку с запятой, а затем свой путь. Например, если моя переменная пути на данный момент «C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\bin», я могу изменить ее на «C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\bin;( УКАЖИТЕ ПУТЬ ЗДЕСЬ)"

person Adam Andre    schedule 25.06.2012
comment
Спасибо Адам. Я использую терминал в OS X, но я буду помнить об этом, если мне понадобится изменить настройки PATH на ПК с Windows. - person Guy Fleegman; 26.06.2012