Почему java использует как передачу по значению, так и передачу по ссылке?

Это не так. Java является исключительно передачей по значению. Значение, передаваемое при работе с объектом, является ссылкой на объект, но оно не имеет ничего общего с "передачей по ссылке".

Передача по ссылке означает, что функции можно передать переменную и изменить содержимое этой переменной в вызывающей функции. В Java такого нет.

Так, например:

void foo() {
    int a;

    a = 42;
    bar(a);
    System.out.println(a); // Will ALWAYS be 42
}

void bar(int b) {
    b = 67;
}

В отличие от C++, в котором есть передача по ссылке:

// C++ code
void foo() {
    int a;

    a = 42;
    bar(a);
    cout << a; // 67?!
}
void bar(int& a) { // <== Note the &
    a = 67;
}

Java не имеет эквивалента & в C++ (или out/ref в C#).

Вы, вероятно, имеете в виду ссылки на объекты, которые представляют собой совершенно отдельное использование слова «ссылка», чем «ссылка» при передаче по ссылке. Давайте рассмотрим пример с объектами:

void foo() {
    Object o1, o2;

    o1 = new Object();
    o2 = o1;
    bar(o1);
    System.out.println(o1 == o2); // Will ALWAYS be true
}

void bar(Object o) {
    o = new Object();
}

Если бы в Java была передача по ссылке (и мы использовали ее для передачи объектной переменной в bar), == в foo было бы ложным. Но это не так, и нет никакого способа сделать это так.

Ссылка на объект позволяет вам изменить состояние объекта, переданного в функцию, но вы не можете изменить переменную, содержащую его, в вызывающей функции.

Java всегда "Передается по значению". Таким образом, примитивы, а также объект (reference) передаются по значению.

Изменить

Да, объекты не передаются напрямую, мы всегда ссылаемся на них по их ссылке. Таким образом, ссылка на объект передается по значению.