Вызов всплывающего окна Android из oncreate

Вы пытаетесь отобразить всплывающее окно еще до того, как будет отображено окно активности. С помощью метода post мы можем дождаться завершения всех необходимых методов жизненного цикла запуска.

Попробуй это :

private void loadingPopup() {
    LayoutInflater inflater = this.getLayoutInflater();
    final View layout = inflater.inflate(R.layout.loading_dialog, null);

    final PopupWindow windows = new PopupWindow(layout , 300,300,true);
    windows.setFocusable(false);
    windows.setTouchable(true); 
    windows.setOutsideTouchable(true);
    layout.post(new Runnable() {
        public void run() {
            windows.showAtLocation(layout,Gravity.CENTER, 0, 0);
        }
    });
}