Отсутствует библиотека Java при отправке задания Grid Engine

Когда я qsub скрипт, который запускает java-программу, я получаю эту ошибку:

Исключение в потоке «main» java.lang.UnsatisfiedLinkError: /usr/java/jdk1.6.0_16/jre/lib/amd64/xawt/libmawt.so: libXtst.so.6: невозможно открыть файл общего объекта: такого файла нет или каталог в java.lang.ClassLoader $ NativeLibrary.load (собственный метод) в java.lang.ClassLoader.loadLibrary0 (ClassLoader.java:1778) в java.lang.ClassLoader.loadLibrary (ClassLoader.java:1674) в java.lang. Runtime.load0 (Runtime.java:770) в java.lang.System.load (System.java:1003) в java.lang.ClassLoader $ NativeLibrary.load (собственный метод) в java.lang.ClassLoader.loadLibrary0 (ClassLoader. java: 1778) в java.lang.ClassLoader.loadLibrary (ClassLoader.java:1695) в java.lang.Runtime.loadLibrary0 (Runtime.java:823) в java.lang.System.loadLibrary (System.java:1028) в sun.security.action.LoadLibraryAction.run (LoadLibraryAction.java:50) в java.security.AccessController.doPrivileged (собственный метод) в java.awt.Toolkit.loadLibraries (Toolkit.java:1592) в java.awt.Toolkit. (Toolkit.java:1614) в java.awt.Font. (Font.java:210) в savant.settings.BrowserSettings. (BrowserSettings.java:37) в savant.util.NetworkUtils.getSeekableStreamForURI (NetworkUtils.java:185) в savant.data.sources.BAMDataSource. (BAMDataSource.java:62) в IReckon.WholeGenomeExecution.main (WholeGenomeExecution.java:208)

Однако, когда я захожу в узел и запускаю сценарий, я не получаю сообщения об ошибке.

Я запускаю qsub так: qsub -cwd -V

Может быть, мне нужно установить какую-то переменную окружения, но разве -V не справится с этим?


java sungridengine qsub
person Tyler F    schedule 01.03.2013    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Где libXtst.so.6 находится в этой системе?

Скорее всего, движок сетки использует другое LD_LIBRARY_PATH, чем когда вы входите в систему вручную. Похоже, установка немного странная.

Для использования движка сетки я бы также рекомендовал избегать использования AWT.

person Has QUIT--Anony-Mousse    schedule 01.03.2013
comment
Я хоть убей не мог найти, где он установлен, если он вообще есть. Я подозреваю, что приложение пыталось загрузить AWT в зависимости от того, доступен ли X11. Отключение переменной DISPLAY в сценарии задания, похоже, решает проблему. Приложение имеет интерфейс командной строки. Странно. - person Tyler F; 02.03.2013
comment
Вы пробовали locate libXtst.so.6? Но он действительно может не существовать, если на хостах сетки не установлен X11 (хотя для удаленных дисплеев все же имеет смысл иметь там некоторые библиотеки) - person Has QUIT--Anony-Mousse; 02.03.2013
comment
Если он был установлен, его не было ни в одном из обычных мест, ни в пути к библиотеке Java. Еще я попытался скопировать библиотеку в каталог, который был виден узлу, и в пути к библиотеке java. Это тоже устранило проблему. Я не пробовал найти, но похоже, что он не был установлен сейчас, когда я его запустил. Спасибо! - person Tyler F; 05.03.2013