Запись двоичного файла в файл извлекает неверные данные из предыдущих несвязанных команд popen в C

Так что этот код работает сам по себе, но когда я использую его со своей основной программой, он как-то подтягивает какие-то, казалось бы, совершенно не связанные части кода и записывает их в файл, который я пишу... Все компилируется без проблемы, поэтому я знаю, что это не проблема определения или проблема указателя, и все остальное записывается правильно, но каким-то образом я получаю более 3200 байтов материала, к которому структура не имеет никакого отношения, и записываю его по адресу 0x1 в файл, который также не является частью структуры...

struct a {
    unsigned long addr; //File address
    int sz; //Num Bytes
    unsigned long pos; // Buffer Address
};

// Many more than this, but you get the general struct idea..
struct a as[][3] = {
    {{ 0xF245, 5, 0x6F02C4 }},
    {{ 0x471D, 128, 0x65892 }},
    {{ 0x6198F, 12, 0xA4092 }}
}

//Failing code
        fdin = fopen(files[FIRSTFILE]->filename, "rb");

        fdout = fopen(files[SECONDFILE]->filename, "r+b");

        if (!fdin) {
            fprintf(stderr, "Unable to open %s\n", files[FIRSTFILE]->filename);
            fclose(fdin);
            cleanup(ONSCREEN);
            return EXIT_FAILURE;
        }

        if (!fdout) {
            fprintf(stderr, "Unable to open %s\n", files[SECONDFILE]->filename);
            fclose(fdout);
            fclose(fdin);
            cleanup(ONSCREEN);
            return EXIT_FAILURE;
        }

У меня здесь есть другой код, но ни один из них не читает из файла и не записывает в другой, как этот. Но где-то здесь он неправильно записывает как минимум 3200 байтов в диапазоне адресов 0x1-0xC88 в файле и извлекает данные, которые я использую в функциях popen перед всем этим.

        for (int i = 0; i <= (sizeof(buffer) / sizeof(buffer[0])); i++) {

            memset(buffer, 0, sizeof(buffer));
            fseek(fdin, as[i]->pos, SEEK_SET);
            fread(buffer, 1, as[i]->sz, fdin);

            fseek(fdout, as[i]->addr, SEEK_SET);
            fwrite(buffer, 1, as[i]->sz, fdout);
        }

        if(fclose(fdout)==EOF || fclose(fdin)==EOF) {
            logit(ONSCREEN, "Error closing files.\n\n");
            cleanup(ONSCREEN);
            return EXIT_FAILURE;
        }
        fflush(fdin);
        fflush(fdout);

Вот фрагмент кода из основной программы, из которой каким-то образом она извлекает информацию:

        sleep(1);
        memset(command, 0x00, 256);
        sprintf(command, "./somecommand");
        fp = popen(command, "r");
        if (fp == NULL) {
            logit(ONSCREEN, "popen failed.");
            cleanup(ONSCREEN);
            return EXIT_FAILURE;
        }

        while(fgets(store, sizeof(store), fp)) {
            if (strstr(store, "Expected Output")) {
            break;
            }
        }
        pclose(fp);
        fflush(fp);

Опять же, все эти функции прекрасно работают сами по себе, но когда они объединены в одну функцию, они плохо работают вместе... Файлы (ФАЙЛ *fp, *fdin, *fdout) имеют разные имена, а хранилище массив символов называется иначе, чем буфер. Что я здесь сделал не так?

Кажется, что-то небезопасное в использовании popen и fopen в одной и той же функции, или что-то, что я не убираю здесь должным образом ...?