Нампи, Атлас и Лапак

Я использую numpy для некоторых операций с массивами, и в настоящее время он очень медленный. Те же операции в Matlab (вычисление ковариационной матрицы) занимают всего секунду. Я установил atlas и lapack, но я не уверен, что мой numpy действительно их использует. Кто-нибудь знает, как это проверить? я использую макинтош


python numpy lapack python-3.3 atlas
person user1663930    schedule 13.03.2013    source источник
comment
можете ли вы дать больше информации (размер массива, используемые функции и т. д.)?   -  person Francesco Montesano    schedule 13.03.2013
comment
22277 X 520 — это размер массива, и я использую np.loadtxt() и no.cov(). Они оба принимают возраст   -  person user1663930    schedule 13.03.2013
comment
Каков результат numpy.show_config()?   -  person HYRY    schedule 13.03.2013
comment
Я получаю это: blas_opt_info: define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)] extra_compile_args = ['-msse3', '-I/System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Headers'] extra_link_args = ['-Wl,- framework', '-Wl,Accelerate'] lapack_opt_info: define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)] extra_compile_args = ['-msse3'] extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate']   -  person user1663930    schedule 13.03.2013
comment
после covX = np.cov( X, rowvar=1 ) убедитесь, что covX.shape равно 520^2, а не 22277^2   -  person denis    schedule 14.03.2013
comment
Отредактируйте эту информацию в своем вопросе, пожалуйста   -  person Shog9    schedule 16.03.2013
comment
Использование ATLAS не ускорит np.loadtxt в любом случае.   -  person user1915639    schedule 11.05.2014

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Чтобы получить numpy для использования ATLAS, вам нужно либо

  • соберите его из исходного кода, настроив файл site.cfg, чтобы он мог найти ваши библиотеки ATLAS. Это заняло у меня большую часть дня, чтобы поработать над Gentoo (см. этот отчет об ошибке), я не уверен, что мой опыт, к сожалению, хорошо переносится на Mac.
  • найти предварительно скомпилированный пакет, использующий ATLAS. Anaconda или Canopy может быть хорошим местом для поиска, хотя они могут включать только оптимизированные библиотеки в платных версиях - я не уверен в этом.
person user1915639    schedule 11.05.2014