Как преобразовать JGraph в стеклянную панель?

Я думаю, вы слишком все усложняете.

Стеклянная панель будет самым верхним компонентом (когда она видна), рисуя поверх всего остального. Если вы просто хотите "наложить" один компонент на другой, есть гораздо более простые решения...

Самая простая идея, которую я могу придумать, это использовать JLayeredPane, настроив его на использование GridBagLayout, чтобы вам не нужно было беспокоиться о позиционировании дочерних компонентов. Это даст вам быстрые и простые методы изменения порядка компонентов.

Другим решением было бы просто добавить компонент наложения непосредственно поверх компонента подложки.

import java.awt.BasicStroke;
import java.awt.BorderLayout;
import java.awt.Color;
import java.awt.Dimension;
import java.awt.EventQueue;
import java.awt.Graphics;
import java.awt.Graphics2D;
import java.awt.image.BufferedImage;
import java.io.File;
import java.io.IOException;
import javax.imageio.ImageIO;
import javax.swing.JFrame;
import javax.swing.JPanel;
import javax.swing.UIManager;
import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;

public class Overlay {

    public static void main(String[] args) {
        new Overlay();
    }

    public Overlay() {
        EventQueue.invokeLater(new Runnable() {
            @Override
            public void run() {
                try {
                    UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
                } catch (ClassNotFoundException | InstantiationException | IllegalAccessException | UnsupportedLookAndFeelException ex) {
                }

                ImagePane imagePane = new ImagePane();
                imagePane.setLayout(new BorderLayout());
                imagePane.add(new OverlayPane());

                JFrame frame = new JFrame("Testing");
                frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
                frame.setLayout(new BorderLayout());
                frame.add(imagePane);
                frame.pack();
                frame.setLocationRelativeTo(null);
                frame.setVisible(true);
            }
        });
    }

    public class OverlayPane extends JPanel {

        public OverlayPane() {
            setOpaque(false);
        }

        @Override
        protected void paintComponent(Graphics g) {
            super.paintComponent(g);
            Graphics2D g2d = (Graphics2D) g.create();
            g2d.setColor(Color.RED);
            g2d.setStroke(new BasicStroke(4));
            int radius = 40;
            g2d.drawOval(326 - radius / 2, 351 - radius / 2, radius, radius);
            g2d.drawOval(416 - radius / 2, 351 - radius / 2, radius, radius);

            int size = 20;

            g2d.drawLine(374, 400, 374 - size, 400 + size);
            g2d.drawLine(374, 400, 374 + size, 400 + size);

            g2d.dispose();
        }

    }

    public class ImagePane extends JPanel {

        private BufferedImage buffer;

        public ImagePane() {
            try {
                buffer = ImageIO.read(new File("/path/to/your/image"));
            } catch (IOException ex) {
                ex.printStackTrace();
            }
        }

        @Override
        public Dimension getPreferredSize() {
            return buffer == null ? new Dimension(200, 200) : new Dimension(buffer.getWidth(), buffer.getHeight());
        }

        @Override
        protected void paintComponent(Graphics g) {
            super.paintComponent(g);
            Graphics2D g2d = (Graphics2D) g.create();
            g2d.drawImage(buffer, 0, 0, this);
            g2d.dispose();
        }
    }

}