Как заставить метод compareTo соблюдать общий контракт?

Если вы реализуете интерфейс Comparator, вам нужно использовать этот метод (учитывая, что ваш класс является общим с Chromosome tpye):

int compare(Chromosome o1, Chromosome o2)

Однако кажется, что более подходящим интерфейсом для реализации в вашем случае является Comparable. http://docs.oracle.com/javase/7/docs/api/java/lang/Comparable.html

int compareTo(Chromosome o)

Comparable обычно реализуется, чтобы дать экземплярам вашего класса естественный порядок. Comparator обычно представляет собой отдельный класс для того, что вы пытаетесь сравнить, и может использоваться для предоставления вам нескольких различных типов упорядочения.

Независимо от того, что вы реализуете, класс также должен быть типизирован:

class Chromosome implements Comparable<Chromosome> 

В противном случае аргументы должны быть Объектом, а не Хромосомой.

Чтобы немного уточнить ответ сэра RotN:

Метод compareTo должен соответствовать двум свойствам:

• Сравнение симметрично, т. е. если A=B, то B=A, а если A<B, то B>A
• Сравнение транзитивное, т. е. если A<B и B<C, то A<C, а если A=B и B=C, то A=C

Первое свойство для вашего сравнения выполняется, а второе нет. Рассмотрим следующий пример из теории голосования: у нас есть 3 человека, которые голосуют за 3 альтернативы. Побеждает альтернатива с наивысшим рейтингом. Известно, что это может привести к двусмысленной ситуации, когда никакая альтернатива не побеждает.

В вашем случае баллы — это люди, а хромосомы — это альтернативы. Вместо 5 баллов я использую только 3, так как этого достаточно, чтобы показать проблему. У меня есть 3 хромосомы, A, B и C, со следующими оценками:

A: 1, 2, 3
B: 2, 3, 1
C: 3, 1, 2

Нетрудно заметить, что A<B, B<C, и C<A, поэтому ваше сравнение не является транзитивным.

Вы можете решить эту проблему, упорядочив хромосомы лексикографически:

public int compareTo(Chromosome o) {
    if(o == null)
        return(1);
    int[] indices = {1, 2, 3, 5, 7};
    for (int i : indices) {
        int c = Double.compare(getScore(i),o.getScore(i));
        if (c != 0)
            return c;
    }
    return 0;
}

То, что вы пытаетесь реализовать, кажется, что одна хромосома лучше другой, если у нее больше баллов, которые больше, чем у другой. К сожалению, это не дает явного приоритета. т.е. вы не можете гарантировать, что каждое o1 = o2 и o2 = o3 o1 = o3 истинно. Это может привести к бесконечному циклу при заказе или, используя более продвинутый алгоритм, к исключению, с которым вы сталкиваетесь. Поэтому вам нужно найти другой алгоритм, обеспечивающий стабильную сортировку.

Подходы:

1. Сравните сумму баллов
2. Определить приоритет оценки (оценка2 сравнивается только в том случае, если оценка1 равна и т. д.)