Для моей докторской работы мне нужно построить триангуляцию Делоне (DT) заданного набора точек в любом (низком) измерении. До сих пор я использовал библиотеку C ++ CGAL с данными до 4D без каких-либо заметных проблем.
Однако, поскольку я использовал тот же класс CGAL :: Delaunay_d, что и ранее для набора данных 7D (а именно репозиторий UCI Seeds набор данных), похоже, что-то идет не так, и я не знаю, как отследить свою проблему.
Вот копируемый код для воспроизведения выполнения:
// CGAL includes
#include <CGAL/Cartesian_d.h>
#include <CGAL/Delaunay_d.h>
#include <CGAL/Gmpq.h>
// STANDARD includes
#include <iostream>
#include <string>
#include <map>
// TYPEDEFS
typedef CGAL::Gmpq EXACT_RT;
typedef CGAL::Cartesian_d<EXACT_RT> EXACT_Kernel;
typedef EXACT_Kernel::Point_d EXACT_Point;
typedef EXACT_Kernel::Vector_d EXACT_Vector;
typedef CGAL::Delaunay_d<EXACT_Kernel> EXACT_Delaunay_any_d;
typedef EXACT_Delaunay_any_d::Vertex_handle EXACT_Vertex_handle;
// NAMESPACES
using namespace std;
using namespace CGAL;
// FUNCTIONS
int main(int argc, char *argv[]);
void delaunay_d(EXACT_Delaunay_any_d &DT, const map <unsigned, vector<EXACT_RT> > &data);
map <unsigned, vector<EXACT_RT> > data_parse(const string &data_set);
// DATASET
char seeds_data_char[] = "15,26 14,84 0,871 5,763 3,312 2,221 5,22\n\
14,88 14,57 0,8811 5,554 3,333 1,018 4,956\n\
14,29 14,09 0,905 5,291 3,337 2,699 4,825\n\
13,84 13,94 0,8955 5,324 3,379 2,259 4,805\n\
16,14 14,99 0,9034 5,658 3,562 1,355 5,175\n\
14,38 14,21 0,8951 5,386 3,312 2,462 4,956\n\
14,69 14,49 0,8799 5,563 3,259 3,586 5,219\n\
14,11 14,1 0,8911 5,42 3,302 2,7 5\n\
16,63 15,46 0,8747 6,053 3,465 2,04 5,877\n\
16,44 15,25 0,888 5,884 3,505 1,969 5,533\n\
15,26 14,85 0,8696 5,714 3,242 4,543 5,314\n\
14,03 14,16 0,8796 5,438 3,201 1,717 5,001\n\
13,89 14,02 0,888 5,439 3,199 3,986 4,738\n\
13,78 14,06 0,8759 5,479 3,156 3,136 4,872\n\
13,74 14,05 0,8744 5,482 3,114 2,932 4,825\n\
14,59 14,28 0,8993 5,351 3,333 4,185 4,781\n\
13,99 13,83 0,9183 5,119 3,383 5,234 4,781\n\
15,69 14,75 0,9058 5,527 3,514 1,599 5,046\n\
14,7 14,21 0,9153 5,205 3,466 1,767 4,649\n\
12,72 13,57 0,8686 5,226 3,049 4,102 4,914\n\
14,16 14,4 0,8584 5,658 3,129 3,072 5,176\n\
14,11 14,26 0,8722 5,52 3,168 2,688 5,219\n\
15,88 14,9 0,8988 5,618 3,507 0,7651 5,091\n\
12,08 13,23 0,8664 5,099 2,936 1,415 4,961\n\
15,01 14,76 0,8657 5,789 3,245 1,791 5,001\n\
16,19 15,16 0,8849 5,833 3,421 0,903 5,307\n\
13,02 13,76 0,8641 5,395 3,026 3,373 4,825\n\
12,74 13,67 0,8564 5,395 2,956 2,504 4,869\n\
14,11 14,18 0,882 5,541 3,221 2,754 5,038\n\
13,45 14,02 0,8604 5,516 3,065 3,531 5,097\n\
13,16 13,82 0,8662 5,454 2,975 0,8551 5,056\n\
15,49 14,94 0,8724 5,757 3,371 3,412 5,228\n\
14,09 14,41 0,8529 5,717 3,186 3,92 5,299\n\
13,94 14,17 0,8728 5,585 3,15 2,124 5,012\n\
15,05 14,68 0,8779 5,712 3,328 2,129 5,36\n\
16,12 15 0,9 5,709 3,485 2,27 5,443\n\
16,2 15,27 0,8734 5,826 3,464 2,823 5,527\n\
17,08 15,38 0,9079 5,832 3,683 2,956 5,484\n\
14,8 14,52 0,8823 5,656 3,288 3,112 5,309\n\
14,28 14,17 0,8944 5,397 3,298 6,685 5,001\n\
13,54 13,85 0,8871 5,348 3,156 2,587 5,178\n\
13,5 13,85 0,8852 5,351 3,158 2,249 5,176\n\
13,16 13,55 0,9009 5,138 3,201 2,461 4,783\n\
15,5 14,86 0,882 5,877 3,396 4,711 5,528\n\
15,11 14,54 0,8986 5,579 3,462 3,128 5,18\n\
13,8 14,04 0,8794 5,376 3,155 1,56 4,961\n\
15,36 14,76 0,8861 5,701 3,393 1,367 5,132\n\
14,99 14,56 0,8883 5,57 3,377 2,958 5,175\n\
14,79 14,52 0,8819 5,545 3,291 2,704 5,111\n\
14,86 14,67 0,8676 5,678 3,258 2,129 5,351\n\
14,43 14,4 0,8751 5,585 3,272 3,975 5,144\n\
15,78 14,91 0,8923 5,674 3,434 5,593 5,136\n\
14,49 14,61 0,8538 5,715 3,113 4,116 5,396\n\
14,33 14,28 0,8831 5,504 3,199 3,328 5,224\n\
14,52 14,6 0,8557 5,741 3,113 1,481 5,487\n\
15,03 14,77 0,8658 5,702 3,212 1,933 5,439\n\
14,46 14,35 0,8818 5,388 3,377 2,802 5,044\n\
14,92 14,43 0,9006 5,384 3,412 1,142 5,088\n\
15,38 14,77 0,8857 5,662 3,419 1,999 5,222\n\
12,11 13,47 0,8392 5,159 3,032 1,502 4,519\n\
11,42 12,86 0,8683 5,008 2,85 2,7 4,607\n\
11,23 12,63 0,884 4,902 2,879 2,269 4,703\n\
12,36 13,19 0,8923 5,076 3,042 3,22 4,605\n\
13,22 13,84 0,868 5,395 3,07 4,157 5,088\n\
12,78 13,57 0,8716 5,262 3,026 1,176 4,782\n\
12,88 13,5 0,8879 5,139 3,119 2,352 4,607\n\
14,34 14,37 0,8726 5,63 3,19 1,313 5,15\n\
14,01 14,29 0,8625 5,609 3,158 2,217 5,132\n\
14,37 14,39 0,8726 5,569 3,153 1,464 5,3\n\
12,73 13,75 0,8458 5,412 2,882 3,533 5,067\n\
17,63 15,98 0,8673 6,191 3,561 4,076 6,06\n\
16,84 15,67 0,8623 5,998 3,484 4,675 5,877\n\
17,26 15,73 0,8763 5,978 3,594 4,539 5,791\n\
19,11 16,26 0,9081 6,154 3,93 2,936 6,079\n\
16,82 15,51 0,8786 6,017 3,486 4,004 5,841\n\
16,77 15,62 0,8638 5,927 3,438 4,92 5,795\n\
17,32 15,91 0,8599 6,064 3,403 3,824 5,922\n\
20,71 17,23 0,8763 6,579 3,814 4,451 6,451\n\
18,94 16,49 0,875 6,445 3,639 5,064 6,362\n\
17,12 15,55 0,8892 5,85 3,566 2,858 5,746\n\
16,53 15,34 0,8823 5,875 3,467 5,532 5,88\n\
18,72 16,19 0,8977 6,006 3,857 5,324 5,879\n\
20,2 16,89 0,8894 6,285 3,864 5,173 6,187\n\
19,57 16,74 0,8779 6,384 3,772 1,472 6,273\n\
19,51 16,71 0,878 6,366 3,801 2,962 6,185\n\
18,27 16,09 0,887 6,173 3,651 2,443 6,197\n\
18,88 16,26 0,8969 6,084 3,764 1,649 6,109\n\
18,98 16,66 0,859 6,549 3,67 3,691 6,498\n\
21,18 17,21 0,8989 6,573 4,033 5,78 6,231\n\
20,88 17,05 0,9031 6,45 4,032 5,016 6,321\n\
20,1 16,99 0,8746 6,581 3,785 1,955 6,449\n\
18,76 16,2 0,8984 6,172 3,796 3,12 6,053\n\
18,81 16,29 0,8906 6,272 3,693 3,237 6,053\n\
18,59 16,05 0,9066 6,037 3,86 6,001 5,877\n\
18,36 16,52 0,8452 6,666 3,485 4,933 6,448\n\
16,87 15,65 0,8648 6,139 3,463 3,696 5,967\n\
19,31 16,59 0,8815 6,341 3,81 3,477 6,238\n\
18,98 16,57 0,8687 6,449 3,552 2,144 6,453\n\
18,17 16,26 0,8637 6,271 3,512 2,853 6,273\n\
18,72 16,34 0,881 6,219 3,684 2,188 6,097\n\
16,41 15,25 0,8866 5,718 3,525 4,217 5,618\n\
17,99 15,86 0,8992 5,89 3,694 2,068 5,837\n\
19,46 16,5 0,8985 6,113 3,892 4,308 6,009\n\
19,18 16,63 0,8717 6,369 3,681 3,357 6,229\n\
18,95 16,42 0,8829 6,248 3,755 3,368 6,148\n\
18,83 16,29 0,8917 6,037 3,786 2,553 5,879\n\
18,85 16,17 0,9056 6,152 3,806 2,843 6,2\n\
17,63 15,86 0,88 6,033 3,573 3,747 5,929\n\
19,94 16,92 0,8752 6,675 3,763 3,252 6,55\n\
18,55 16,22 0,8865 6,153 3,674 1,738 5,894\n\
18,45 16,12 0,8921 6,107 3,769 2,235 5,794\n\
19,38 16,72 0,8716 6,303 3,791 3,678 5,965\n\
19,13 16,31 0,9035 6,183 3,902 2,109 5,924\n\
19,14 16,61 0,8722 6,259 3,737 6,682 6,053\n\
20,97 17,25 0,8859 6,563 3,991 4,677 6,316\n\
19,06 16,45 0,8854 6,416 3,719 2,248 6,163\n\
18,96 16,2 0,9077 6,051 3,897 4,334 5,75\n\
19,15 16,45 0,889 6,245 3,815 3,084 6,185\n\
18,89 16,23 0,9008 6,227 3,769 3,639 5,966\n\
20,03 16,9 0,8811 6,493 3,857 3,063 6,32\n\
20,24 16,91 0,8897 6,315 3,962 5,901 6,188\n\
18,14 16,12 0,8772 6,059 3,563 3,619 6,011\n\
16,17 15,38 0,8588 5,762 3,387 4,286 5,703\n\
18,43 15,97 0,9077 5,98 3,771 2,984 5,905\n\
15,99 14,89 0,9064 5,363 3,582 3,336 5,144\n\
18,75 16,18 0,8999 6,111 3,869 4,188 5,992\n\
18,65 16,41 0,8698 6,285 3,594 4,391 6,102\n\
17,98 15,85 0,8993 5,979 3,687 2,257 5,919\n\
20,16 17,03 0,8735 6,513 3,773 1,91 6,185\n\
17,55 15,66 0,8991 5,791 3,69 5,366 5,661\n\
18,3 15,89 0,9108 5,979 3,755 2,837 5,962\n\
18,94 16,32 0,8942 6,144 3,825 2,908 5,949\n\
15,38 14,9 0,8706 5,884 3,268 4,462 5,795\n\
16,16 15,33 0,8644 5,845 3,395 4,266 5,795\n\
15,56 14,89 0,8823 5,776 3,408 4,972 5,847\n\
15,38 14,66 0,899 5,477 3,465 3,6 5,439\n\
17,36 15,76 0,8785 6,145 3,574 3,526 5,971\n\
15,57 15,15 0,8527 5,92 3,231 2,64 5,879\n\
15,6 15,11 0,858 5,832 3,286 2,725 5,752\n\
16,23 15,18 0,885 5,872 3,472 3,769 5,922\n\
13,07 13,92 0,848 5,472 2,994 5,304 5,395\n\
13,32 13,94 0,8613 5,541 3,073 7,035 5,44\n\
13,34 13,95 0,862 5,389 3,074 5,995 5,307\n\
12,22 13,32 0,8652 5,224 2,967 5,469 5,221\n\
11,82 13,4 0,8274 5,314 2,777 4,471 5,178\n\
11,21 13,13 0,8167 5,279 2,687 6,169 5,275\n\
11,43 13,13 0,8335 5,176 2,719 2,221 5,132\n\
12,49 13,46 0,8658 5,267 2,967 4,421 5,002\n\
12,7 13,71 0,8491 5,386 2,911 3,26 5,316\n\
10,79 12,93 0,8107 5,317 2,648 5,462 5,194\n\
11,83 13,23 0,8496 5,263 2,84 5,195 5,307\n\
12,01 13,52 0,8249 5,405 2,776 6,992 5,27\n\
12,26 13,6 0,8333 5,408 2,833 4,756 5,36\n\
11,18 13,04 0,8266 5,22 2,693 3,332 5,001\n\
11,36 13,05 0,8382 5,175 2,755 4,048 5,263\n\
11,19 13,05 0,8253 5,25 2,675 5,813 5,219\n\
11,34 12,87 0,8596 5,053 2,849 3,347 5,003\n\
12,13 13,73 0,8081 5,394 2,745 4,825 5,22\n\
11,75 13,52 0,8082 5,444 2,678 4,378 5,31\n\
11,49 13,22 0,8263 5,304 2,695 5,388 5,31\n\
12,54 13,67 0,8425 5,451 2,879 3,082 5,491\n\
12,02 13,33 0,8503 5,35 2,81 4,271 5,308\n\
12,05 13,41 0,8416 5,267 2,847 4,988 5,046\n\
12,55 13,57 0,8558 5,333 2,968 4,419 5,176\n\
11,14 12,79 0,8558 5,011 2,794 6,388 5,049\n\
12,1 13,15 0,8793 5,105 2,941 2,201 5,056\n\
12,44 13,59 0,8462 5,319 2,897 4,924 5,27\n\
12,15 13,45 0,8443 5,417 2,837 3,638 5,338\n\
11,35 13,12 0,8291 5,176 2,668 4,337 5,132\n\
11,24 13 0,8359 5,09 2,715 3,521 5,088\n\
11,02 13 0,8189 5,325 2,701 6,735 5,163\n\
11,55 13,1 0,8455 5,167 2,845 6,715 4,956\n\
11,27 12,97 0,8419 5,088 2,763 4,309 5\n\
11,4 13,08 0,8375 5,136 2,763 5,588 5,089\n\
10,83 12,96 0,8099 5,278 2,641 5,182 5,185\n\
10,8 12,57 0,859 4,981 2,821 4,773 5,063\n\
11,26 13,01 0,8355 5,186 2,71 5,335 5,092\n\
10,74 12,73 0,8329 5,145 2,642 4,702 4,963\n\
11,48 13,05 0,8473 5,18 2,758 5,876 5,002\n\
12,21 13,47 0,8453 5,357 2,893 1,661 5,178\n\
11,41 12,95 0,856 5,09 2,775 4,957 4,825\n\
12,46 13,41 0,8706 5,236 3,017 4,987 5,147\n\
12,19 13,36 0,8579 5,24 2,909 4,857 5,158\n\
11,65 13,07 0,8575 5,108 2,85 5,209 5,135\n\
12,89 13,77 0,8541 5,495 3,026 6,185 5,316\n\
11,56 13,31 0,8198 5,363 2,683 4,062 5,182\n\
11,81 13,45 0,8198 5,413 2,716 4,898 5,352\n\
10,91 12,8 0,8372 5,088 2,675 4,179 4,956\n\
11,23 12,82 0,8594 5,089 2,821 7,524 4,957\n\
10,59 12,41 0,8648 4,899 2,787 4,975 4,794\n\
10,93 12,8 0,839 5,046 2,717 5,398 5,045\n\
11,27 12,86 0,8563 5,091 2,804 3,985 5,001\n\
11,87 13,02 0,8795 5,132 2,953 3,597 5,132\n\
10,82 12,83 0,8256 5,18 2,63 4,853 5,089\n\
12,11 13,27 0,8639 5,236 2,975 4,132 5,012\n\
12,8 13,47 0,886 5,16 3,126 4,873 4,914\n\
12,79 13,53 0,8786 5,224 3,054 5,483 4,958\n\
13,37 13,78 0,8849 5,32 3,128 4,67 5,091\n\
12,62 13,67 0,8481 5,41 2,911 3,306 5,231\n\
12,76 13,38 0,8964 5,073 3,155 2,828 4,83\n\
12,38 13,44 0,8609 5,219 2,989 5,472 5,045\n\
12,67 13,32 0,8977 4,984 3,135 2,3 4,745\n\
11,18 12,72 0,868 5,009 2,81 4,051 4,828\n\
12,7 13,41 0,8874 5,183 3,091 8,456 5\n\
12,37 13,47 0,8567 5,204 2,96 3,919 5,001\n\
12,19 13,2 0,8783 5,137 2,981 3,631 4,87\n\
11,23 12,88 0,8511 5,14 2,795 4,325 5,003\n\
13,2 13,66 0,8883 5,236 3,232 8,315 5,056\n\
11,84 13,21 0,8521 5,175 2,836 3,598 5,044\n\
12,3 13,34 0,8684 5,243 2,974 5,637 5,063";
//////////
// MAIN //
//////////
int main(int argc, char *argv[]) {
// DATA SET declaration
string seeds_data(seeds_data_char);
map <unsigned, vector<EXACT_RT> > my_DATA = data_parse(seeds_data);
// DT declaration
EXACT_Delaunay_any_d my_DT(7);
// DT construction
delaunay_d(my_DT, my_DATA);
return 0;
}
// DELAUNAY TRIANGULATION function
void delaunay_d(
EXACT_Delaunay_any_d &DT,
const map <unsigned, vector<EXACT_RT> > &data)
{
// Dim size variable
int d = ((data.begin()) ->second).size();
int i = 1;
// Scanning data set -- DT construction
for(map <unsigned, vector<EXACT_RT> >::const_iterator it = data.begin(); it != data.end(); it++, i++){
// Constructing Point objects
EXACT_Point tmp = EXACT_Point(d, (it ->second).begin(), (it ->second).end());
// Inserting point in the triangulation
EXACT_Vertex_handle v_tmp = DT.insert(tmp);
// DEBUG
std::cout << "-- DEBUG POST -- " << i << " -- DT.all_simplices().size() : " << DT.all_simplices().size() << " -- DT.current_dimension() : " << DT.current_dimension() << endl;
}
}
// PARSING DATA function
map <unsigned, vector<EXACT_RT> > data_parse(
const string &data_set)
{
// RETURNED map
map <unsigned, vector<EXACT_RT> > result;
// TMP variables declaration
vector<EXACT_RT> vect;
string tmp_value;
char current_char;
for (unsigned i=0; i<data_set.length(); i++)
{
current_char = data_set[i];
// Testing if read character is tab or space (i.e. end of a number) ...
if( (current_char == '\t') || (current_char == ' ')) {
double curr_num = atof(tmp_value.c_str());
vect.push_back(EXACT_RT(curr_num)); // Storing the double value.
tmp_value.clear(); // Clearing current number
}
// ... end of a line ...
else
if ( (current_char == '\n') || (current_char == '\r') ) {
double curr_num = atof(tmp_value.c_str());
vect.push_back(EXACT_RT(curr_num)); // Storing the double value.
result.insert ( pair <unsigned, vector<EXACT_RT> > (i++, vect) ); // Feeding returned map
tmp_value.clear(); // Clearing current number
vect.clear(); // Clearing the vector containing the converted values
}
// .. storing any other character
else {
// Dealing with decimal character (from ',' to '.')
if(current_char == ',') {
// Storing current character
tmp_value.push_back('.');
}
else
// Storing current character
tmp_value.push_back(current_char);
}
}
return result;
}
Поскольку я использовал точный числовой тип CGAL::Gmpq
для вычисления DT, я подозреваю внутреннюю ошибку CGAL, но не могу ее подтвердить. Моя ошибка на самом деле возникает при вызове функции EXACT_Delaunay_any_d::insert()
, и я не знаю, как найти способ ее отладить.
Сигнал «EXC_BAD_ACCESS» останавливает мою программу при попытке вставить 78-ю точку после построения 20926 симплексов.
Мои вопросы:
- Должен ли я использовать какой-нибудь другой точный числовой тип?
- Это внутренняя проблема функции CGAL
EXACT_Delaunay_any_d::insert()
? - Это проблема распределения памяти, связанная с моей ОС (Mac OS X 10.6.8)?
Заранее спасибо, если у вас есть ответ / подсказка для расследования!
Октавио
,
на.
и последовательных пробелов на один вseeds_data_char
(было бы проще инициализировать массив, а не разбирать строку), он работает у меня в Linux (в строке 77 указано, что размер равен 20926, поэтому я Предположим, я сделал правильное исправление). Какую именно командную строку вы используете? Кажется, он не использует много памяти, так что это не должно быть проблемой. (Я не помнил, что это было так медленно, будет хорошо, когда мы получим новый код ...) - person Marc Glisse   schedule 03.07.2013