Isotope — работает на jsFiddle, но не на сайте

ваши теги script не закрыты должным образом

<link rel="stylesheet" href="teststyle.css">
<script type="text/javascript" src="jquery.isotope.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js.js"></script>

оставление незакрытым тега script может помешать правильному включению следующего тега script на страницу.

Другими словами: это не jsfiddle проблема.

вы должны прикрепить файл jquery, а также функцию обратного вызова, вам не хватает обеих частей

использовать этот

<link rel="stylesheet" href="teststyle.css">
<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1/jquery.js"></script>
<script type="text/javascript" src="jquery.isotope.min.js">
<script>
$(document).ready(function(){
var $container = $('#container');

$container.load(function () {
    $container.isotope({
        // options...
    });
});


$(function () {
    var $container = $('#container'),
        $items = $('.item');

    $container.isotope({
        itemSelector: '.item',
        masonry: {
            columnWidth: 0
        },
        resizesContainer: false,
        getSortData: {
            fitOrder: function ($item) {
                var order,
                index = $item.index();

                if ($item.hasClass('large') && index % 2) {
                    order = index + 1.5;
                } else {
                    order = index;
                }
                return order;
            }
        },
        sortBy: 'fitOrder'
    });

    $items.click(function () {
        var $this = $(this);
        // nothing to change if this already has large class
        if ($this.hasClass('large')) {
            return;
        }
        var $previousLargeItem = $items.filter('.large');

        $previousLargeItem.removeClass('large');
        $this.addClass('large');
        $container
        // update sort data on changed items
        .isotope('updateSortData', $this)
            .isotope('updateSortData', $previousLargeItem)
        // trigger layout and sort
        .isotope();
    });
});
});
</script>