Прочитайте список файлов в unix и запустите команду

Есть несколько способов сделать это. Поскольку в файле данных имена указаны «по одному на строку», мы можем предположить, что в именах файлов нет новых строк.

for петля

for file in $(<list.txt)
do
    sickle pe -f "${file}_file1.fastq" -r "${file}_file2.fastq" -t sanger
done

while цикл с read

while read file
do
    sickle pe -f "${file}_file1.fastq" -r "${file}_file2.fastq" -t sanger
done < list.txt

Цикл for работает только в том случае, если в именах нет пробелов (или других пробельных символов, таких как табуляция). Цикл while чист до тех пор, пока у вас нет новых строк в именах, хотя использование while read -r file даст вам еще лучшую защиту от неожиданностей. Двойные кавычки вокруг имени файла в цикле for являются декоративными (но безвредными), поскольку имена файлов не могут содержать пробелы, но кавычки в цикле while предотвращают разделение имен файлов, содержащих пробелы, когда они не должны быть разделены. Часто бывает полезно заключать переменные в кавычки каждый раз, когда вы их используете, хотя строго это имеет значение только тогда, когда переменная может содержать пробелы, но вы не хотите, чтобы значение разделялось.

Мне пришлось угадать, какие имена следует передать команде sickle, поскольку ваш вопрос не ясен по этому поводу - я на 99% уверен, что угадал неправильно, но он соответствует различным суффиксам в вашей примерной команде, предполагающей базовое имя файла input. Я опустил обратную косую черту; это символ escape, и неясно, что вы там действительно хотите.

Используйте Bash For-Loop

Bash имеет очень разумный цикл for в качестве одной из циклических конструкций< /а>. Вы можете заменить команду echo ниже любой пользовательской командой, которую вы хотите. Например:

for file in name1 name2 name3; do
  echo "${file}_R1" "${file}_R2"
done

Если вы хотите читать из файла вместо прямого использования цикла for, вы можете использовать Bash read встроенный, но xargs часто более переносим между оболочками. Например, в следующем примере используются флаги, доступные в версии xargs из GNU findutils для чтения аргументов из файла и добавления суффикса к каждому из них:

$ xargs --arg-file=list.txt --max-args=1 -I{} /bin/echo "{}_R1" "{}_R2"
name1_R1 name1_R2
name2_R1 name2_R2
name3_R1 name3_R2

Опять же, вы можете заменить «echo» на командную строку по вашему выбору.

Используйте цикл while с read:

while read fn; do
    <command> "${fn}_R1" "${fn}_R2"
done < list.txt