очистить стек и закончить

Это точно должно сработать...

Intent intent = new Intent(D,A.class);
intent.setFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP);
intent.putExtra("close",true);
startActivity(intent);

and in oncreat of A activity u have to write
if (getIntent().getBooleanExtra("close", false)) {finish();
}
else {
{
 //ur previous code here
}

Получайте удовольствие, если есть какие-либо проблемы, которые вы можете задать

FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP
FLAG_ACTIVITY_SINGLE_TOP
FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TASK
FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK

что гарантирует, что если экземпляр уже запущен и не является верхним, то все, что находится поверх него, будет очищено, и он будет использоваться вместо запуска нового экземпляра (это полезно, когда вы перешли Activity A -> Activity B, а затем вы хотите вернуться к A из B, но дополнительные флаги не должны влиять на ваш случай выше).

Попробуйте добавить FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK.

Таким образом, ваш код будет:

Intent intent = new Intent(this, A.class);
intent.addFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP); 
intent.addFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK);
startActivity(intent);

Я использую следующее в своем приложении. Надеюсь, это поможет.

Intent intent = new Intent(this, A.class);
intent.setFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP); // this will clear the stacks
intent.putExtra("exitme", true); // tell Activity A to exit right away
startActivity(intent);

и в Упражнении А добавьте следующее:

protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
    // TODO Auto-generated method stub
    super.onCreate(savedInstanceState);

    if( getIntent().getBooleanExtra("exitme", false)){
        finish();
        return;
    }
}

попробуй с Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP

Intent intent = new Intent(this, A.class);
intent.addFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP); 
intent.addFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK);
startActivity(intent);

см. здесь http://developer.android.com/reference/android/content/Intent.html