XSLT в Java: разделение раздела CDATA

Я хочу заменить некоторые элементы в огромном файле XML, и я подумал, что сделаю это с помощью XSLT. У меня нет абсолютно никакого опыта в этом, поэтому, если вы думаете, что есть лучшие способы сделать это, пожалуйста, скажите мне.

Во всяком случае, в качестве первого шага я просто хотел скопировать весь XML. Это мой xsl-файл:

<xsl:stylesheet version="1.0" xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform">
  <xsl:output omit-xml-declaration="yes" indent="no" cdata-section-elements="script"/>
  <xsl:template match="@*|node()">
    <xsl:copy>
      <xsl:apply-templates select="@*|node()"/>
    </xsl:copy>
  </xsl:template>
</xsl:stylesheet>

Соответствующий код Java:

Source xmlInput = new StreamSource(oldProjectStream);
Source xsl = new StreamSource("test.xsl");

Transformer transformer = TransformerFactory.newInstance().newTransformer(xsl);
StreamResult xmlOutput = new StreamResult("output/project.xml");
transformer.transform(xmlInput, xmlOutput);

Большая часть вывода в порядке, также порядок элементов не изменился (это может оказаться очень важным).

XML содержит некоторый код Lua в разделах CDATA. Однако в некоторых (кажущихся случайными) точках раздел CDATA закрывается и снова открывается. Кажется, это связано со скобками в коде, но в меру - в 1,4-мегабайтном XML-коде около 5 точек, выглядящих так:

<script><![CDATA[
...
html_encoding["Otilde"  ] = string.char(213)
html_encoding["Ouml"    ]]]><![CDATA[ = string.char(214)
html_encoding["Oslash"  ] = string.char(216)
...
]]></script>

В исходном файле средняя строка выглядит так же, как и остальные. Есть тысячи строк, где я поставил точки. Что тут происходит?

(Проприетарное) приложение, которое должно обрабатывать XML, не может его загрузить.