Функция главного компонента

Я пытался использовать функцию principal-components из Incanter для выполнения PCA и, похоже, не использовал ее. Я нашел несколько примеров данных в Интернете из учебника по PCA и хотел попрактиковаться на них:

(def data [[0.69 0.49] [-1.31 -1.21] [0.39 0.99] [0.09 0.29] [1.29 1.09] 
           [0.49 0.79] [0.19 (- 0 0.31)] [(- 0 0.81) (- 0 0.81)] 
           [(- 0 0.31) (- 0 0.31)] [(- 0 0.71) (- 0 1.01)]])

При первой попытке реализовать PCA я попытался передать векторы в матричную функцию Инкантера, но обнаружил, что передаю ей слишком много аргументов. В этот момент я решил попробовать вложенную векторную структуру, как определено выше, но хотел бы избежать этого пути.

Как мне превратить data в матрицу (Incanter), чтобы она была принята в качестве входных данных в функцию Incanter principal-components. Для простоты назовем новую матрицу fooMatrix.

После создания этой матрицы fooMatrix следующий код должен работать для извлечения первых двух основных компонентов.

     (def pca (principal-components fooMatrix))
     (def components (:rotation pca))
     (def pc1 (sel components :cols 0))
     (def pc2 (sel components :cols 1))

а затем данные могут быть спроецированы на главные компоненты с помощью

     (def principal1 (mmult fooMatrix pc1)) 
     (def principal2 (mmult fooMatrix pc2))

clojure matrix pca incanter principal-components
person sunspots    schedule 26.03.2014    source источник
comment
Вы, кажется, не задаете вопрос. По этой ссылке обсуждается использование PCA через Incanter, а внизу поста есть ссылка на весь исходный код используется.   -  person galdre    schedule 27.03.2014
comment
Чего я не понимаю, так это того, как преобразовать векторы, содержащиеся в data, в матрицу, которую может использовать функция Incanter principal-component.@galdre   -  person sunspots    schedule 27.03.2014
comment
Я изменил свой первоначальный пост, чтобы вопрос был явным, спасибо.   -  person sunspots    schedule 27.03.2014

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Ознакомьтесь с Incanter API. Я считаю, что вы просто хотите (incanter.core/matrix data). Это ваши варианты матричной функции Инкантера. Возможно, A2 — это то, что вас интересует.

(def A (matrix [[1 2 3] [4 5 6] [7 8 9]])) ; produces a 3x3 matrix
(def A2 (matrix [1 2 3 4 5 6 7 8 9] 3)) ; produces the same 3x3 matrix
(def B (matrix [1 2 3 4 5 6 7 8 9])) ; produces a 9x1 column vector

Пример использования ваших данных:

user=> (use '[incanter core stats charts datasets])
nil
user=>(def data [0.69 0.49 -1.31 -1.21 0.39 0.99 0.09 0.29 1.29
                1.09 0.49 0.79 0.19 (- 0 0.31) (- 0 0.81) (- 0 0.81)
                (- 0 0.31) (- 0 0.31) (- 0 0.71) (- 0 1.01)])
user=>(def fooMatrix (matrix data 2))
user=>(principal-components fooMatrix)
{:std-dev (1.3877785387777999 0.27215937850413047), :rotation  A 2x2 matrix
 -------------
-7.07e-01 -7.07e-01 
-7.07e-01  7.07e-01 
}

Вуаля. Вложенная векторная структура исчезла.

person galdre    schedule 27.03.2014
comment
A2 это то, что мне нужно для построения матрицы - person sunspots; 27.03.2014