Что здесь означают два параметра для WScript?

Run(strCommand, [intWindowStyle], [bWaitOnReturn]) 

• WindowStyle = 0 означает «Скрывает окно и активирует другое окно».
• WaitOnReturn = false означает, что «метод Run возвращается сразу после запуска программы, автоматически возвращая 0 (не интерпретировать как код ошибки)».

Полная документация по методу запуска находится здесь: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/d5fk67ky%28VS.85%29.aspx

Подробнее см. здесь. Второй аргумент Run — это стиль окна (свернутое, развернутое и т. д.), а третий — ждать ли завершения программы перед продолжением. Во-первых, это, конечно же, программа для запуска.

И копирование информации здесь, чтобы сделать ответ самодостаточным:

object.Run(strCommand, [intWindowStyle], [bWaitOnReturn])

object — объект WshShell.
strCommand — строковое значение, указывающее командную строку, которую вы хотите запустить. Вы должны включить все параметры, которые хотите передать в исполняемый файл.
intWindowStyle — необязательно. Целочисленное значение, указывающее внешний вид окна программы. Обратите внимание, что не все программы используют эту информацию.
bWaitOnReturn — необязательно. Логическое значение, указывающее, должен ли скрипт дождаться завершения выполнения программы, прежде чем перейти к следующему оператору в вашем скрипте. Если установлено значение true, выполнение скрипта останавливается до тех пор, пока программа не завершится, а Run возвращает любой код ошибки, возвращаемый программой. Если установлено значение false (по умолчанию), метод Run возвращается сразу после запуска программы, автоматически возвращая 0 (не интерпретируемый как код ошибки).

Стили окна:

 0   Hides the window and activates another window.
 1   Activates and displays a window. If the window is minimized or maximized,
     the system restores it to its original size and position. An application
     should specify this flag when displaying the window for the first time.
 2   Activates the window and displays it as a minimized window.
 3   Activates the window and displays it as a maximized window.
 4   Displays a window in its most recent size and position. The active window
     remains active.
 5   Activates the window and displays it in its current size and position.
 6   Minimizes the specified window and activates the next top-level window in
     the Z order.
 7   Displays the window as a minimized window. The active window remains active.
 8   Displays the window in its current state. The active window remains active.
 9   Activates and displays the window. If the window is minimized or maximized,
     the system restores it to its original size and position. An application
     should specify this flag when restoring a minimized window.
10   Sets the show-state based on the state of the program that started the
     application.

Чтобы процитировать приведенную выше ссылку:

strCommand Строковое значение, указывающее командную строку, которую вы хотите запустить. Вы должны включить любые параметры, которые хотите передать в исполняемый файл.

intWindowStyle Необязательно. Целочисленное значение, указывающее внешний вид окна программы. Обратите внимание, что не все программы используют эту информацию.

bWaitOnReturn Необязательно. Логическое значение, указывающее, должен ли скрипт дождаться завершения выполнения программы, прежде чем перейти к следующему оператору в вашем скрипте. Если установлено значение true, выполнение скрипта останавливается до тех пор, пока программа не завершится, а Run возвращает любой код ошибки, возвращаемый программой. Если установлено значение false (по умолчанию), метод Run возвращается сразу после запуска программы, автоматически возвращая 0 (не интерпретируемый как код ошибки).