Остановить Ninject от автоматической привязки Func‹T, T, bool›

Если вы создадите специальную привязку для Func<T, T>, она все равно переопределит общую привязку, созданную FuncModule. Но, как вы заметили, исключений не будет, если вы не создадите эту конкретную привязку.

Самый простой способ избавиться от стандартной (открытой) привязки — избавиться от расширения Factory.

var kernel = new StandardKernel(new NinjectSettings {LoadExtensions = false});

Тогда вам придется динамически загружать расширения — это делается путем загрузки их NinjectModule реализаций. Например:

IKernel.Load<FuncModule>();

Конечно, FuncModule вы не хотите загружать, мы делаем все это, чтобы избавиться от него. Но вам придется сделать это для всех других модулей расширения, которые вам действительно нужны. Наконец, вам нужно будет создать все привязки расширений Factory, которые вам нужны:

if (!this.Kernel.GetBindings(typeof(Func<IContext, IResolutionRoot>)).Any())
{
    this.Bind<Func<IContext, IResolutionRoot>>().ToMethod(ctx => context => context.Kernel);
}

this.Bind<FuncProvider>().ToSelf().InSingletonScope();
this.Bind<IFunctionFactory>().To<FunctionFactory>();
this.Bind<IInstanceProvider>().To<StandardInstanceProvider>();

#if !SILVERLIGHT_20 && !WINDOWS_PHONE && !NETCF_35
this.Bind<IInterceptor>().To<FactoryInterceptor>()
    .When(request => typeof(IFactoryProxy).IsAssignableFrom(request.Target.Member.ReflectedType));
#endif

Примечание. Если вы действительно используете Func-Factory, я бы рекомендовал «игнорировать» проблему. Теперь вы знаете, где искать, если проблема снова возникнет. Если это отдельная проблема, вы также можете заменить свой Func<,> интерфейсом, сделав вещи более явными (чистый код). Конечно, это ни в коем случае не идеальное решение. Это просто один из трудных выборов, которые нужно сделать ;-)