Как получить лучшие псевдонимы таблиц для операторов SQL, созданных Entity Framework?

Вы можете использовать IDbCommandInterceptor и переопределить CommandText.

Я только что создал очень простую логику для замены псевдонима с помощью регулярного выражения.

Следующий код

var query = (from f1 in db.Foos
            where f1.ParentFooId == null
            join f2 in db.Foos on f1.FooId equals f2.ParentFooId
            select f2).ToArray();

по умолчанию станет чем-то вроде

SELECT 
    [Extent1].[FooId] AS [FooId], 
    [Extent2].[FooId] AS [FooId1], 
    [Extent2].[FooName] AS [FooName], 
    [Extent2].[ParentFooId] AS [ParentFooId], 
    [Extent2].[ParentFoo_FooId] AS [ParentFoo_FooId]
    FROM  [dbo].[Foos] AS [Extent1]
    INNER JOIN [dbo].[Foos] AS [Extent2] ON [Extent1].[FooId] = [Extent2].[ParentFooId]
    WHERE [Extent1].[ParentFooId] IS NULL
go

а потом я перехватил текст команды на ReaderExcecuting.

public void ReaderExecuting(System.Data.Common.DbCommand command, DbCommandInterceptionContext<System.Data.Common.DbDataReader> interceptionContext)
{
    var aliasLookup = new Dictionary<string, string>();
    var tableLookup = new Dictionary<string, int>();

    var text = command.CommandText;
    // Looking something like "[dbo].[Foos] AS [Extent1]"
    var pattern = @"\[dbo\]\.\[([\w\d]*)\] AS \[(Extent\d*)\]";
    var matches = Regex.Matches(text, pattern);
    foreach(Match m in matches)
    {
        if (m.Groups.Count == 3)
        {
            var tableName = m.Groups[1].Value;
            var aliasName = m.Groups[2].Value;

            var replacement = tableName;
            if (tableLookup.ContainsKey(tableName)) replacement += tableLookup[tableName]++;
            else tableLookup.Add(tableName, 2);

            aliasLookup.Add(aliasName, replacement);
        }
    });

    foreach(var pair in aliasLookup)
    {
        var oldAliasName = string.Format("[{0}]", pair.Key);
        var newAliasName = string.Format("[{0}]", pair.Value);
        command.CommandText = command.CommandText.Replace(oldAliasName, newAliasName);
    }
}

Результат будет выглядеть так

SELECT 
    [Foos].[FooId] AS [FooId], 
    [Foos2].[FooId] AS [FooId1], 
    [Foos2].[FooName] AS [FooName], 
    [Foos2].[ParentFooId] AS [ParentFooId], 
    [Foos2].[ParentFoo_FooId] AS [ParentFoo_FooId]
    FROM  [dbo].[Foos] AS [Foos]
    INNER JOIN [dbo].[Foos] AS [Foos2] ON [Foos].[FooId] = [Foos2].[ParentFooId]
    WHERE [Foos].[ParentFooId] IS NULL
go

Это просто дает вам представление о том, как это сделать, логика не тестировалась для сложных запросов, и ее следует использовать только для отладки.