Сводная таблица пропускает строки со значениями NULL

Я предполагаю, что вы хотите удалить результирующую строку, если какая-либо из исходных строк имеет value IS NULL.
Вы сможете добиться этого с помощью bit_and() в предложении HAVING:

SELECT id
     , max(CASE WHEN colID = 1 THEN value END) AS fn
     , max(CASE WHEN colID = 2 THEN value END) AS ln
     , max(CASE WHEN colID = 3 THEN value END) AS jt
FROM   tbl 
GROUP  BY id
HAVING bit_and(value IS NOT NULL);

Альтернатива:

...
HAVING count(*) = count(value);

Я не указывал ELSE NULL в операторах CASE, потому что (согласно документации):

Если не было соответствующего значения результата, возвращается результат после ELSE или NULL, если нет части ELSE.

Просто добавьте это ограничение в оператор where вашего запроса, например:

SELECT 
  id, 
  GROUP_CONCAT(if(colID = 1, value, NULL)) AS 'First Name',
  GROUP_CONCAT(if(colID = 2, value, NULL)) AS 'Last Name',
  GROUP_CONCAT(if(colID = 3, value, NULL)) AS 'Job Title'
FROM tbl
WHERE value IS NOT NULL
GROUP BY id;

ИЗМЕНИТЬ

После некоторых тестов я смог заставить решение работать, но кажется интересным, почему value is not null не будет работать.

Ссылка на решение: http://sqlfiddle.com/#!2/b7a445/3

SELECT 
  id, 
  max(case when colID = 1 then value else '' end) AS fn,
  max(case when colID = 2 then value else '' end) AS ln,
  max(case when colID = 3 then value else '' end) AS jt
FROM tbl 
where not exists (select * from tbl b where tbl.id=b.id and value is null)
group by id