Ошибка заключается в том, что вы удаляете элемент из списка, который вы повторяете. Допустим, у вас есть wordsList, который содержит |word0|word1|word2|. Если ii равно 1 и проверка истинна, то вы вызываете wordsList.remove(1);. После этого ваш список |word0|word2|. Затем ii увеличивается и становится равным 2, и теперь он превышает размер вашего списка, поэтому word2 никогда не будет тестироваться.

Оттуда есть несколько решений. Например, вместо удаления значений вы можете установить значение «». Или создайте специальный список результатов.

Это гораздо более элегантное решение (ИМХО), использующее только регулярные выражения:

    // instead of the ".....", add all your stopwords, separated by "|"
    // "\\b" is to account for word boundaries, i.e. not replace "his" in "this"
    // the "\\s?" is to suppress optional trailing white space
    Pattern p = Pattern.compile("\\b(I|this|its.....)\\b\\s?");
    Matcher m = p.matcher("I love this phone, its super fast and there's so much new and cool things with jelly bean....but of recently I've seen some bugs.");
    String s = m.replaceAll("");
    System.out.println(s);

Попробуйте программу ниже.

String s="I love this phone, its super fast and there's so" +
            " much new and cool things with jelly bean....but of recently I've seen some bugs.";
    String[] words = s.split(" ");
    ArrayList<String> wordsList = new ArrayList<String>();
    Set<String> stopWordsSet = new HashSet<String>();
    stopWordsSet.add("I");
    stopWordsSet.add("THIS");
    stopWordsSet.add("AND");
    stopWordsSet.add("THERE'S");

    for(String word : words)
    {
        String wordCompare = word.toUpperCase();
        if(!stopWordsSet.contains(wordCompare))
        {
            wordsList.add(word);
        }
    }

    for (String str : wordsList){
        System.out.print(str+" ");
    }

ВЫВОД: обожаю телефон, он очень быстрый, так много новых крутых вещей с желейными бобами... но в последнее время я видел некоторые ошибки.

Вы можете использовать функцию замены всех, как это

String yourString ="I love this phone, its super fast and there's so much new and cool things with jelly bean....but of recently I've seen some bugs."
yourString=yourString.replaceAll("stop" ,"");

Попробуйте использовать replaceAll API строки, например:

String myString = "I love this phone, its super fast and there's so much new and cool things with jelly bean....but of recently I've seen some bugs.";
String stopWords = "I|its|with|but";
String afterStopWords = myString.replaceAll("(" + stopWords + ")\\s*", "");
System.out.println(afterStopWords);

OUTPUT: 
love this phone, super fast and there's so much new and cool things jelly bean....of recently 've seen some bugs.

Вместо этого, почему бы вам не использовать подход ниже. Будет легче читать и понимать:

for(String word : words){
    s = s.replace(word+"\\s*", "");
}
System.out.println(s);//It will print removed word string.

Вот попробуйте это следующим образом:

   String s="I love this phone, its super fast and there's so much new and cool things with jelly bean....but of recently I've seen some bugs.";
   String stopWords[]={"love","this","cool"};
   for(int i=0;i<stopWords.length;i++){
       if(s.contains(stopWords[i])){
           s=s.replaceAll(stopWords[i]+"\\s+", ""); //note this will remove spaces at the end
       }
   }
   System.out.println(s);

Таким образом, ваш окончательный вывод будет без слов, которые вам не нужны. Просто получите список стоп-слов в массиве и замените требуемой строкой.
Вывод для моих стоп-слов:

I   phone, its super fast and there's so much new and  things with jelly bean....but of recently I've seen some bugs.

Попробуйте сохранить стоп-слова в коллекции наборов, а затем разметить вашу строку в список. После этого вы можете просто использовать «removeAll», чтобы получить результат.

Set<String> stopwords = new Set<>()
//fill in the set with your file

String s="I love this phone, its super fast and there's so much new and cool things with jelly bean....but of recently I've seen some bugs.";
List<String> listOfStrings = asList(s.split(" "));

listOfStrings.removeAll(stopwords);
StringUtils.join(listOfStrings, " ");

Циклы for не нужны - они обычно означают проблемы.

Кажется, что вы делаете стоп-слово, удаляется одно стоп-слово в предложении, переходите к другому стоп-слову: вам нужно удалить все стоп-слова в каждом предложении.

Вы должны попробовать изменить свой код:

Из:

for(int ii = 0; ii < wordsList.size(); ii++){
    for(int jj = 0; jj < k; jj++){
        if(stopwords[jj].contains(wordsList.get(ii).toLowerCase())){
            wordsList.remove(ii);
            break;
        }
    }
}

Что-то вроде:

for(int ii = 0; ii < wordsList.size(); ii++)
{
    for(int jj = 0; jj < k; jj++)
    {
        if(wordsList.get(ii).toLowerCase().contains(stopwords[jj])
        {
            wordsList.remove(ii);
        }
    }
}

Обратите внимание, что break удалено, а stopword.contains(word) заменено на word.contains(stopword).

Недавно одному из проектов потребовалась функциональность для фильтрации остановки/основы и нецензурных слов из данного текста или файла после просмотра нескольких блогов и рецензий. создал простую библиотеку для фильтрации данных/файла и сделал ее доступной в maven. надеюсь, что это может помочь кому-то.

https://github.com/uttesh/exude

     <dependency>
        <groupId>com.uttesh</groupId>
        <artifactId>exude</artifactId>
        <version>0.0.2</version>
    </dependency>