Как очистить память после выполнения file_get_contents в php

Это не ответ - я удалю его через минуту. Это просто удобное место, чтобы показать, как делать операторы трассировки:

    $ipfile = 'one.txt';
    $ipfileContents = file_get_contents($ipfile);
    $ipcontent = "ip='$ip'\n";
    $ipcontent .= "netmask='$subnet'\n";
    $ipcontent .= "gw='$gateway'\n";
    echo "DEBUG: hostcontent=<pre>$ipcontent</pre><br />====<br />hostfileContents=<pre>$ipfileContents</pre><br />\n";            
    file_put_contents($ipfile, $ipcontent . $ipfileContents,  LOCK_EX);
    $ipsh = shell_exec('sh path/to/CHANGE_IP.sh');

    $hostfile = 'two.txt';
    $hostfileContents = file_get_contents($hostfile);
    $hostcontent = "ip='$ip'\n";
    $hostcontent .= "m_name='$hostname'\n";
    $hostcontent .= "fqdn='$domain'\n";
    echo "DEBUG: hostcontent=<pre>$hostcontent</pre><br />====<br />hostfileContents=<pre>$hostfileContents</pre><br />\n";
    file_put_contents($hostfile, $hostcontent . $hostfileContents,  LOCK_EX);
    $hostsh = shell_exec('sh path/to/MODIFY_HOSTS.sh');

Наиболее эффективным было бы одновременное чтение и запись файла кусками:

• открыть файл в режиме чтения-записи
• прочитать фрагмент данных, который будет перезаписан новыми данными
• сбросить указатель на начало прочитанного фрагмента
• записать новые данные
• сделать прочитанные данные новыми данными для записи
• повторять до тех пор, пока не останется данных для записи

Пример:

$bufw = "ip=''\n";
$bufw .= "netmask=''\n";
$bufw .= "gw=''\n";

$bufw_len = strlen($bufw);

$file = fopen($ipfile, 'c+');
while ($bufw_len > 0) {
    // read next chunk
    $bufr = fread($file, $bufw_len);
    $bufr_len = strlen($bufr);

    // reset pointer to begin of chunk
    fseek($file, -$bufr_len, SEEK_CUR);

    // write previous chunk
    fwrite($file, $bufw);

    // update variables
    $bufw = $bufr;
    $bufw_len = strlen($bufw);
}
fclose($file);

При этом общее использование памяти ограничивается только длиной записываемых новых данных.

Вы можете сделать это функцией, например:

function file_prepend_contents($filename, $data, $flags = 0, $context = null) {
    if (!is_null($context)) {
        $handle = fopen($filename, 'c+', ($flags & FILE_USE_INCLUDE_PATH) === FILE_USE_INCLUDE_PATH, $context);
    } else {
        $handle = fopen($filename, 'c+', ($flags & FILE_USE_INCLUDE_PATH) === FILE_USE_INCLUDE_PATH);
    }

    if (!$handle) return false;

    if (($flags & LOCK_EX) === LOCK_EX) {
        flock($handle, LOCK_EX);
    }

    $bytes_written = 0;

    $bufw = $data;
    $bufw_len = strlen($bufw);
    while ($bufw_len > 0) {
        // read next chunk
        $bufr = fread($handle, $bufw_len);
        $bufr_len = strlen($bufr);

        // reset pointer
        fseek($handle, -$bufr_len, SEEK_CUR);

        // write current chunk
        if (ftell($handle) === 0) {
            $bytes_written = fwrite($handle, $bufw);
        } else {
            fwrite($handle, $bufw);
        }

        // update variables
        $bufw = $bufr;
        $bufw_len = strlen($bufw);
    }
    fclose($handle);

    return $bytes_written;
}