Я пытаюсь передать последовательности BioPython реализации Ильи Степанова алгоритма суффиксного дерева Укконена в среде ноутбука iPython. Я натыкаюсь на компонент argparse.
Раньше мне никогда не приходилось иметь дело напрямую с argparse. Как я могу использовать это, не переписывая main()?
Между прочим, эта запись алгоритма Укконена просто фантастическая.
У меня уже была подобная проблема, но используя optparse вместо argparse.
Вам не нужно ничего менять в исходном скрипте, просто назначьте новый список sys.argv следующим образом:
if __name__ == "__main__":
from Bio import SeqIO
path = '/path/to/sequences.txt'
sequences = [str(record.seq) for record in SeqIO.parse(path, 'fasta')]
sys.argv = ['-f'] + sequences
main()
sys.argv, который работает как sys.argv = ['foo'].
- person jef; 14.11.2017
Альтернативой использованию argparse в блокнотах Ipython является передача строки в:
args = parser.parse_args() (строка 303 из репозитория git, на который вы ссылались.)
Было бы что-то вроде:
parser = argparse.ArgumentParser(
description='Searching longest common substring. '
'Uses Ukkonen\'s suffix tree algorithm and generalized suffix tree. '
'Written by Ilya Stepanov (c) 2013')
parser.add_argument(
'strings',
metavar='STRING',
nargs='*',
help='String for searching',
)
parser.add_argument(
'-f',
'--file',
help='Path for input file. First line should contain number of lines to search in'
)
и
args = parser.parse_args("AAA --file /path/to/sequences.txt".split())
Изменить: это работает
args = parser.parse_args(['--file', '/path/to/sequences.txt']), то есть вам нужно передать массив строк, где каждый элемент является аргументом, который обычно отделяется пробелом в командной строке.
- person jjs; 11.05.2016
shlex.split: args = parser.parse_args(shlex.split("AAA --file /path/to/sequences.txt"))
- person zenpoy; 30.07.2017
Использование args = parser.parse_args(args=[]) может решить проблему выполнения.
или Если вы хотите управлять параметрами как форматом класса, вы можете объявить его, как показано ниже.
class Args:
data = './data/penn'
model = 'LSTM'
emsize = 200
nhid = 200
args=Args()
страница Github предлагает веб-сервис преобразования. http://35.192.144.192:8000/arg2cls.html
Если все аргументы имеют значение по умолчанию, то достаточно добавить это в начало записной книжки:
import sys
sys.argv = ['']
(иначе просто добавьте необходимые аргументы вместо пустой строки)
В итоге я использовал BioPython для извлечения последовательностей, а затем отредактировал реализацию Ильи Стеанова, чтобы удалить методы argparse.
import imp
seqs = []
lcsm = imp.load_source('lcsm', '/path/to/ukkonen.py')
for record in SeqIO.parse('/path/to/sequences.txt', 'fasta'):
seqs.append(record)
lcsm.main(seqs)
Для алгоритма я main() принимал один аргумент, его strings переменную, но это отправляет алгоритму список специальных объекты BioPython Sequence, которые не нравятся модулю re. Поэтому мне пришлось извлечь строку последовательности
suffix_tree.append_string(s)
to
suffix_tree.append_string(str(s.seq))
который кажется хрупким, но это все, что у меня есть на данный момент.
Я сталкиваюсь с аналогичной проблемой при вызове argsparse, эта проблема вызывалась строкой «-f». Простое удаление этого из sys.srgv делает свое дело.
import sys
if __name__ == '__main__':
if '-f' in sys.argv:
sys.argv.remove('-f')
main()
Очистить sys.argv
import sys; sys.argv=['']; del sys
https://github.com/spyder-ide/spyder/issues/3883#issuecomment-269131039
Вот мой код, который работает хорошо, и я не буду беспокоиться об изменении среды.
import sys
temp_argv = sys.argv
try:
sys.argv = ['']
print(sys.argv)
args = argparse.parser_args()
finally:
sys.argv = temp_argv
print(sys.argv)
Если вы не хотите изменять какие-либо аргументы и рабочие механизмы исходной функции argparse, которую вы написали или скопировали.
Чтобы программа работала, есть простое решение, которое работает в большинстве случаев.
Вы можете просто установить jupyter-argparser с помощью следующей команды:
pip install jupyter_argparser
Коды работают без изменений благодаря мейнтейнеру пакета.
