Как расширить ящики на ящике Seaborn?

Я пытаюсь создать сгруппированный коробчатый график с помощью Seaborn (Ссылка) , и все поля невероятно узкие - слишком узкие, чтобы увидеть группирующие цвета.

g = seaborn.factorplot("project_code",y="num_mutations",hue="organ",
        data=grouped_donor, kind="box", aspect=3)

введите описание изображения здесь

Если я увеличиваю масштаб или растягиваю изображение в несколько раз по ширине экрана, я вижу поля, но, очевидно, это бесполезно в качестве стандартного изображения.

Похоже, это зависит от количества моих данных; если я рисую только первые 500 точек (из 6000), я получаю видимые, но маленькие прямоугольники. Это могло быть, в частности, связано с большим разбросом моих данных; согласно документации matplotlib boxplot,

По умолчанию [ширина] составляет 0,5 или 0,15x (расстояние между крайними положениями), если оно меньше.

Независимо от причины, на самом графике есть достаточно места для более широких прямоугольников, если бы я мог их просто расширить.

К сожалению, ключевое слово boxplot widths, которое контролирует ширину поля, не является допустимым ключевым словом factorplot, и я не могу найти функцию matplotlib, которая изменяет ширину полосы или поля за пределами самой функции построения графика. Я даже не могу найти никого, кто бы это обсуждал; ближайшим, что я нашел, была ширина линии прямоугольной диаграммы. Какие-либо предложения?


matplotlib seaborn graph boxplot
person Lanthala    schedule 26.06.2015    source источник
comment
Можете ли вы дать ссылку на сюжет, который видите? Ящики Seaborn занимают столько горизонтального пространства, сколько могли, поэтому я не уверен, в чем может быть проблема.   -  person mwaskom    schedule 26.06.2015
comment
Также, если вы не можете поделиться своими фактическими данными, попробуйте поделиться кодом, который будет генерировать случайные данные, воспроизводящие проблему; это также может дать вам представление о том, в чем проблема.   -  person mwaskom    schedule 26.06.2015
comment
Я не могу публиковать изображения, но у меня есть скриншот здесь < / а>. И обработанный фрейм данных, который создает этот график при запуске с кодом в моем вопросе, можно загрузить с мой Dropbox.   -  person Lanthala    schedule 26.06.2015
comment
Похоже, что уровни оттенка идеально вложены в переменную x, я думаю, что это ваша проблема. Просто удали hue="organ".   -  person mwaskom    schedule 26.06.2015
comment
Кроме того, приведенный выше снимок экрана был сделан после запуска plt.yscale ('log') для изменения масштаба оси.   -  person Lanthala    schedule 26.06.2015
comment
Вы правы, удаление hue = organ привело к тому, что все поля расширились, чтобы заполнить доступную ширину! Означает ли это, что нет возможности использовать factorplot для цветовой кодировки моих проектов по органам?   -  person Lanthala    schedule 26.06.2015
comment
Если вы передадите имя цветовой палитры в аргумент ключевого слова palette, он раскрасит переменную x.   -  person mwaskom    schedule 26.06.2015
comment
К сожалению, в данном случае цветовое кодирование по X мне не поможет, потому что каждый орган связан с несколькими проектами. Я надеялся использовать сгруппированные коробчатые диаграммы, чтобы прояснить, какой проект от какого органа, но похоже, что независимо от того, каким образом я группирую вещи (оттенок = орган или оттенок = project_id), прямоугольники получаются слишком тонкими. Спасибо за вашу помощь!   -  person Lanthala    schedule 26.06.2015
comment
... подождите, я думаю, я понимаю, что вы имеете в виду. Я могу жестко запрограммировать палитру, которая раскрашивает проекты по органам, и передавать ее в factorplot. Утомительно, но это сработает! Спасибо!   -  person Lanthala    schedule 26.06.2015
comment
palette = df["organ"].map(pal_dict) где pal_dict имеет органы как ключи и цвета как значения, должно помочь.   -  person mwaskom    schedule 27.06.2015
comment
Это действительно помогло! Я добавил легенду, используя код из последнего ответа здесь, и все именно так, как я представил это :)   -  person Lanthala    schedule 27.06.2015
comment
Не могли бы вы рассказать, как вы добавили легенду? У меня такая же проблема с коробчатым сюжетом морского дна. Я решил это с помощью решения в этом посте (удалив «оттенок»), но я не могу добавить легенду ...   -  person Nicole Goebel    schedule 24.03.2016

Ответы (2)


arrow_upward
2
arrow_downward

Для справки в будущем, вот соответствующие фрагменты кода, которые образуют правильный рисунок с легендой: (очевидно, что здесь отсутствуют важные вещи и на самом деле не работает как есть, но, надеюсь, он показывает сложные части)

import matplotlib.pylab as pyp
import seaborn as sns

def custom_legend(colors,labels, legend_location = 'upper left', legend_boundary = (1,1)):
    # Create custom legend for colors
    recs = []
    for i in range(0,len(colors)):
        recs.append(mpatches.Rectangle((0,0),1,1,fc=colors[i]))
    pyp.legend(recs,labels,loc=legend_location, bbox_to_anchor=legend_boundary)

# Color boxplots by organ
organ_list = sorted(df_unique(grouped_samples,'type'))
colors = sns.color_palette("Paired", len(organ_list))
color_dict = dict(zip(organ_list, colors))
organ_palette = grouped_samples.drop_duplicates('id')['type'].map(color_dict)

# Plot grouped boxplot
g = sns.factorplot("id","num_mutations",data=grouped_samples, order=id_list, kind="box", size=7, aspect=3, palette=organ_palette)
sns.despine(left=True)
plot_setup_pre()
pyp.yscale('log')
custom_legend(colors,organ_list)
person Lanthala    schedule 26.03.2016

arrow_upward
1
arrow_downward

Когда используется sns.boxplot, добавление dodge=False решит эту проблему начиная с версии 0.9.

sns.factorplot() устарел с версии 0.9 и был заменен на catplot(), который также имеет параметр dodge.

person ilyas    schedule 22.10.2018