Создание большого количества наборов данных с помощью h5py — невозможно зарегистрировать атом типа данных (невозможно вставить повторяющийся ключ)

Я пытаюсь сохранить большое количество структурированных массивов numpy в виде наборов данных в файле hdf5.
Например,
f['дерево1'] = структурированный_массив1
.
.
f['tree60000'] = структурированный_массив60000 (всего ~60000 деревьев),

Примерно на 70% пути к чтению файла я получаю сообщение об ошибке RuntimeError: невозможно зарегистрировать атом типа данных (не удается вставить дубликат ключа)

Эта проблема возникает только для очень большого файла ascii (10e7 строк, 5 ГБ). Не происходит, если файл рядом (10е6 строк, 500мб). Это также не происходит, если я беру тип данных и просто сохраняю его как массив строк.

Я могу решить эту проблему, если перестану читать файл на полпути, закрою свой терминал, открою его снова и продолжу чтение файла, начиная с половины пути до конца (я сохраняю номер строки, на которой я закончил). Я попытался открыть и закрыть файл hdf5 в самой функции python, но это не сработало.

dt = [
('scale', 'f4'), 
('haloid', 'i8'), 
('scale_desc', 'f4'), 
('haloid_desc', 'i8'), 
('num_prog', 'i4'), 
('pid', 'i8'), 
('upid', 'i8'), 
('pid_desc', 'i8'), 
('phantom', 'i4'), 
('mvir_sam', 'f4'), 
('mvir', 'f4'), 
('rvir', 'f4'), 
('rs', 'f4'), 
('vrms', 'f4'), 
('mmp', 'i4'), 
('scale_lastmm', 'f4'), 
('vmax', 'f4'), 
('x', 'f4'), 
('y', 'f4'), 
('z', 'f4'), 
('vx', 'f4'), 
('vy', 'f4'), 
('vz', 'f4'), 
('jx', 'f4'), 
('jy', 'f4'), 
('jz', 'f4'), 
('spin', 'f4'), 
('haloid_breadth_first', 'i8'), 
('haloid_depth_first', 'i8'), 
('haloid_tree_root', 'i8'), 
('haloid_orig', 'i8'), 
('snap_num', 'i4'), 
('haloid_next_coprog_depthfirst', 'i8'), 
('haloid_last_prog_depthfirst', 'i8'), 
('haloid_last_mainleaf_depthfirst', 'i8'), 
('rs_klypin', 'f4'), 
('mvir_all', 'f4'), 
('m200b', 'f4'), 
('m200c', 'f4'), 
('m500c', 'f4'), 
('m2500c', 'f4'), 
('xoff', 'f4'), 
('voff', 'f4'), 
('spin_bullock', 'f4'), 
('b_to_a', 'f4'), 
('c_to_a', 'f4'), 
('axisA_x', 'f4'), 
('axisA_y', 'f4'), 
('axisA_z', 'f4'), 
('b_to_a_500c', 'f4'), 
('c_to_a_500c', 'f4'), 
('axisA_x_500c', 'f4'), 
('axisA_y_500c', 'f4'), 
('axisA_z_500c', 'f4'), 
('t_by_u', 'f4'), 
('mass_pe_behroozi', 'f4'), 
('mass_pe_diemer', 'f4')
]

def read_in_trees(self):
    """Store each tree as an hdf5 dataset.
    """  
    with open(self.fname) as ascii_file:
        with h5py.File(self.hdf5_name,"r+") as f:
            tree_id = ""  
            current_tree = []
            for line in ascii_file:
                if(line[0]=='#'): #new tree
                        arr = np.array(current_tree, dtype = dt)
                        f[tree_id] = arr
                        current_tree = []
                    tree_id = line[6:].strip('\n')
                else: #read in next tree element
                    current_tree.append(tuple(line.split()))
    return 

Ошибка:

/Volumes/My Passport for Mac/raw_trees/bolshoi/rockstar/asciiReaderOne.py in read_in_trees(self)
    129                             arr = np.array(current_tree, dtype = dt)
    130                             # depth_sort =  arr['haloid_depth_first'].argsort()
--> 131                             f[tree_id] = arr
    132                             current_tree = []
    133                         first_line = False

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_objects.so in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/_objects.c:2458)()

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_objects.so in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/_objects.c:2415)()

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_hl/group.pyc in __setitem__(self, name, obj)
    281 
    282         else:
--> 283             ds = self.create_dataset(None, data=obj, dtype=base.guess_dtype(obj))
    284             h5o.link(ds.id, self.id, name, lcpl=lcpl)
    285 

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_hl/group.pyc in create_dataset(self, name, shape, dtype, data, **kwds)
    101         """
    102         with phil:
--> 103             dsid = dataset.make_new_dset(self, shape, dtype, data, **kwds)
    104             dset = dataset.Dataset(dsid)
    105             if name is not None:

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_hl/dataset.pyc in make_new_dset(parent, shape, dtype, data, chunks, compression, shuffle, fletcher32, maxshape, compression_opts, fillvalue, scaleoffset, track_times)
    124 
    125     if data is not None:
--> 126         dset_id.write(h5s.ALL, h5s.ALL, data)
    127 
    128     return dset_id

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_objects.so in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/_objects.c:2458)()

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_objects.so in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/_objects.c:2415)()

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/h5d.so in h5py.h5d.DatasetID.write (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/h5d.c:3260)()

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/h5t.so in h5py.h5t.py_create (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/h5t.c:15314)()

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/h5t.so in h5py.h5t.py_create (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/h5t.c:14903)()

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/h5t.so in h5py.h5t._c_compound (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/h5t.c:14192)()

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/h5t.so in h5py.h5t.py_create (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/h5t.c:15314)()

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/h5t.so in h5py.h5t.py_create (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/h5t.c:14749)()

/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/h5t.so in h5py.h5t._c_float (/Users/travis/build/MacPython/h5py-wheels/h5py/h5py/h5t.c:12379)()

RuntimeError: Unable to register datatype atom (Can't insert duplicate key)