как правильно закодировать полную строку URL-адреса http?

С внешней библиотекой:

import org.apache.commons.httpclient.util.URIUtil;
String myUrl_1= "http://one.two/three?four five";
System.out.println(URIUtil.encodeQuery(myUrl_1));

И вывод:

http://one.two/three?four%20five

Or

String webResourceURL = "http://stackoverflow.com/search?q=<script>alert(1)</script> s";
System.out.println(URIUtil.encodeQuery(webResourceURL));

И вывод:

http://stackoverflow.com/search?q=%3Cscript%3Ealert(1)%3C/script%3E%20s

И зависимость Maven

<dependency>
    <groupId>commons-httpclient</groupId>
    <artifactId>commons-httpclient</artifactId>
    <version>3.1</version>
</dependency>

Используйте класс URL. Например:

URL url = new URL(urlString);
String encodedQueryString = URLEncoder.encode(url.getQuery());
String encodedUrl = urlString.replace(url.getQuery(), encodedQueryString);

Третья строка может быть другой — например, создание нового URL из всех его частей.