Java чтение/запись конструкции

Вы неправильно используете метод available(). Метод используется для определения того, сколько байтов доступно для чтения без блокировки потока.

Хороший вопрос о переполнении стека о available()

JavaDoc доступен()

Правильный способ проверить, достигли ли вы EOF, состоит в том, чтобы убедиться, что read() вернул -1:

int data = fileInputStream.read();
while (data != -1) {
    fileOutputStream.write(data);
    data = fileInputStream.read();
}

Этот метод, вероятно, будет довольно медленным, если вы попытаетесь прочитать большие объемы данных. Вы можете ускорить это, прочитав больше байтов, используя метод read(byte[] b, int off, int len). Петля будет очень похожа на другую.

byte [] buffer = new byte[1024]; // 1kb buffer
int numBytesRead = fileInputStream.read(buffer);
while (numBytesRead != -1) {
    fileOutputStream.write(buffer, 0, numBytesRead);
    numBytesRead = fileInputStream.read(buffer);
}

Мой интерес пробудился, я написал этот небольшой тест:

public static void main(String[] args) throws IOException {

    FileInputStream fileInputStream = new FileInputStream("/home/nick/foo");
    FileOutputStream fileOutputStream = new FileOutputStream("/home/nick/bar");
    fileOutputStream.write(fileInputStream.read());

    fileOutputStream.flush();
    fileOutputStream.close();
    fileInputStream.close();
}

Это сработало, как и ожидалось - прочитал один байт из /home/nick/foo и записал его в /home/nick/bar

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Обновленная программа:

public static void main(String[] args) throws IOException {

    FileInputStream fileInputStream = new FileInputStream("/home/nick/foo");
    FileOutputStream fileOutputStream = new FileOutputStream("/home/nick/bar");
    while (fileInputStream.available()>0) {    
        fileOutputStream.write(fileInputStream.read());
    }

    fileOutputStream.flush();
    fileOutputStream.close();
    fileInputStream.close();
}

Скопировал весь файл. (примечание: я бы не рекомендовал копировать файл побайтно, используйте классы буферизованного ввода-вывода для копирования целых фрагментов)

Вы случайно не забыли flush() и close() в OutputStream?

Похоже, ваш цикл while выполняет предполагаемые вещи и пропускает то тут, то там.

public int available() throws IOException {
        return 0;
    }

Возвращает оценку количества оставшихся байтов, которые можно прочитать (или пропустить) из этого входного потока без блокировки при следующем вызове метода для этого входного потока. Следующим вызовом может быть тот же или другой поток. Однократное чтение или пропуск этого количества байтов не будет блокироваться, но может быть прочитано или пропущено меньшее количество байтов. В некоторых случаях неблокирующее чтение (или пропуск) может казаться заблокированным, когда оно просто медленное, например, при чтении больших файлов по медленным сетям.

См. здесь