Вот что в cwd:
blastn_build.sh qscript
Они оба в настоящее время установлены как исполняемые (но не двоичные).
Вот содержимое blastn_build.sh:
#!/bin/bash
update_blastdb.pl --showall
Вот содержимое qscript:
qsub -S /bin/bash -V -b n -N nt_wgs_build -pe smp 8 -j y -o ./nt_wgs_build.sge -l h=n10 -cwd -sync y "./blastn_build.sh"
update_blastdb.pl находится в моем PATH и начинается с #!/usr/bin/perl
Теперь проблема:
Запуск ./blastn_build.sh работает как положено. Запуск ./qscript не... вот сообщение об ошибке:
Не удалось подключиться к ftp.ncbi.nlm.nih.gov: неверный аргумент
Если я удалю аргумент --showall из ./blastn_build.sh, ОБА ./blastn_build.sh И ./qscript будут работать как положено. Похоже, проблема в том, как правильно передать параметр --showall в update_blastdb.pl через qsub.
Любая помощь в понимании и исправлении будет высоко оценена!
update_blastdb.pl (blast-2.2.31 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52640/) wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz
#!/usr/bin/perl
# $Id: update_blastdb.pl 446090 2014-09-11 12:12:27Z ivanov $
===========================================================================
#
# Author: Christiam Camacho
#
# File Description:
# Script to download the pre-formatted BLAST databases from the NCBI ftp
# server.
#
#
use strict;
use warnings;
use Net::FTP;
use Getopt::Long;
use Pod::Usage;
use File::stat;
use Digest::MD5;
use Archive::Tar;
use List::MoreUtils qw(uniq);
use constant NCBI_FTP => "ftp.ncbi.nlm.nih.gov";
use constant BLAST_DB_DIR => "/blast/db";
use constant USER => "anonymous";
use constant PASSWORD => "anonymous";
use constant DEBUG => 0;
use constant MAX_DOWNLOAD_ATTEMPTS => 3;
use constant EXIT_FAILURE => 2;
# Process command line options
my $opt_verbose = 1;
my $opt_quiet = 0;
my $opt_force_download = 0;
my $opt_help = 0;
my $opt_passive = 0;
my $opt_timeout = 120;
my $opt_showall = 0;
my $opt_show_version = 0;
my $opt_decompress = 0;
my $result = GetOptions("verbose+" => \$opt_verbose,
"quiet" => \$opt_quiet,
"force" => \$opt_force_download,
"passive" => \$opt_passive,
"timeout=i" => \$opt_timeout,
"showall" => \$opt_showall,
"version" => \$opt_show_version,
"decompress" => \$opt_decompress,
"help" => \$opt_help);
$opt_verbose = 0 if $opt_quiet;
die "Failed to parse command line options\n" unless $result;
pod2usage({-exitval => 0, -verbose => 2}) if $opt_help;
pod2usage({-exitval => 0, -verbose => 2}) unless (scalar @ARGV or
$opt_showall or
$opt_show_version);
#rest of code continues...
Перл версии 5.10.1
update_blastdb.pl
, ответить будет невозможно. Пахнет как проблема с версией - вы уверены, что./blastn_build.sh
правильно передается в qsub? Это относительный путь, поэтому у вас потенциально есть обход пути. - person Sobrique   schedule 13.11.2015./update_blastdb.pl < /dev/null
из командной строки? Вы получаете ошибку? - person Jonathan Leffler   schedule 13.11.2015update_blastdb.pl
на самом деле не предназначен для запуска, кроме как с терминала — по причинам, которые мне не известны. Он делает вещи по-разному в зависимости от того, как он вызывается. Системаqsub
, вероятно, запускает его без терминального соединения, поэтому тест< /dev/null
был интересен. Любопытно, что об ошибке сообщилstty
— мне остается только гадать, что это за дело, но мне не настолько любопытно, чтобы скачать и узнать. Непонятно, почему Perl не подключается при запуске изqsub
, а не из терминала; сеть не должна быть затронута. - person Jonathan Leffler   schedule 13.11.2015--showall
включает функции, требующие сетевого подключения, которое, по-видимому, недоступно в среде, гдеqsub
запускает ее. - person tripleee   schedule 14.11.2015