Регулярное выражение: подсчет количества раз, когда подстрока встречается в строке, включая перекрывающиеся вхождения [дубликаты]

Я решаю задачу на rosalind, которая хочет, чтобы вы вернули позиции, в которых подстрока встречается в более длинной строке. Единственная проблема заключается в том, что происходит перекрытие, и вывод должен быть: 1, 3, 9 (при условии, что счет основан на 0), но я получаю только 1 и 9? Вот мой код.

import re

s='GATATATGCATATACTT'
t='ATAT'

substrings=re.compile('ATAT')
matches=substrings.finditer(s)

for match in matches:
     print(match.start()+1)  #doesn't find overlapping ones

Любая помощь будет оценена, спасибо!


python string regex overlapping
person pythonbeginner2506    schedule 25.04.2016    source источник

Ответы (3)


arrow_upward
2
arrow_downward

Если вы можете установить сторонний модуль, модуль regex имеет расширенную версию API модуля re, которая позволяет передавать аргумент overlapped=True в findall и finditer.

https://pypi.python.org/pypi/regex

В противном случае вы сможете адаптировать этот ответ.

person kindall    schedule 25.04.2016
comment
Один голос за модуль regex. - person CodenameLambda; 25.04.2016

arrow_upward
1
arrow_downward

Вам нужно использовать просмотр вперед.

import re
s='GATATATGCATATACTT'
t='ATAT'
print([match.start() for match in re.finditer('(?=%s)' % t, s)])

Вывод:

[1, 3, 9]
person Pythonista    schedule 25.04.2016
comment
Не могли бы вы на самом деле объяснить, что такое просмотр вперед? Я новичок в python (на самом деле новичок в программировании) и никогда не слышал эту фразу? Как это работает? - person pythonbeginner2506; 25.04.2016
comment
Я думаю, это может помочь stackoverflow.com/questions /2973436/ и этот rexegg.com/regex-lookarounds.html . - person Pythonista; 25.04.2016

arrow_upward
1
arrow_downward

10-секундный поиск показал это.

В основном вы должны окружить свое регулярное выражение "(?=" и ")". Это положительный прогноз, в результате чего регулярное выражение не блокирует части строки для будущих совпадений.

Обязательно захватите группу 1.

Я надеюсь, что смог помочь,

Кодовое имяLambda

person CodenameLambda    schedule 25.04.2016