Экспортированный JAR не может прочитать локальный файл

FileOutputStream просто открывает локальный файл. Он должен быть абсолютным (/home/user/... или c:\temp\...) или относительным относительно текущего каталога. В Windows, например, это каталог, содержащий JAR по умолчанию.

Если вы хотели упаковать файл classes в JAR, вам следует использовать getResourceAsStream, как упоминал @guleryuz. Путь должен быть либо абсолютным, начиная с корня CLASSPATH (то есть корня файла JAR), например "/asset‌​s/classes", либо (лучше) относительно пакета вызывающего класса.

Говоря о классах, я бы настоятельно не рекомендовал использовать getClass(), потому что это полиморфный метод. Есть два способа получить класс: вызвав getClass() для объекта или обратившись к статическому class «полю». Если у вас есть экземпляр MyClass с именем myObject, то myObject.getClass() и MyClass.class по сути одно и то же. Но! Если ваш класс переопределен классом из другого пакета, скажем, TheirClass, то для экземпляра TheirClass getClass() вернет TheirClass.class, даже если вы вызываете getClass() из своего кода. Таким образом, если ваш класс не объявлен как final, использовать getClass().getResource... всегда плохая идея, потому что вы никогда не знаете, когда кто-то переопределит ваш класс. И вы не должны знать или даже заботиться!

Учитывая все это, скажем, у вас есть класс с именем MyClass в пакете с именем my.package. JAR может иметь следующую структуру:

my/
    package/
        MyClass.class
        assets/
            classes

Тогда вызов MyClass.class.getResourceAsStream("assets/classes") должен помочь. В качестве альтернативы это может быть MyClass.class.getResourceAsStream("/my/package/assets/classes"). Обратите внимание, что абсолютный путь не начинается с каталога проекта, где у вас может быть src или src/main или что-то другое, что использует ваша система сборки. Он относится к корню ПУТИ К КЛАССУ (верно, абсолютный путь относительный к корню ПУТИ К КЛАССУ, даже если это звучит странно). То есть он начинается с каталога, где находятся ваши пакеты.

И последнее, но не менее важное: если вы используете систему сборки, подобную Maven (например, Maven или Gradle), то исходные коды Java помещаются в src/main/java, а файлы ресурсов, такие как ваш файл, — в src/main/resources. Они оказываются в одном и том же месте в вашем JAR-файле. То есть src/main/java/package/MyClass.java компилируется в package/MyClass.class, а src/main/resources/package/assets/classes переходит в package/assets/classes. Но для того, чтобы система сборки поняла, что делать с вашими файлами, вы должны поместить их в правильные каталоги: *.java перейти в java, ресурсы — в resources.

Итак, принимая во внимание соглашения, подобные Maven, структура проекта должна быть

src/
    main/
        java/
            my/
                package/
                    MyClass.java
src/
    main/
        resources/
            my/
                package/
                    assets/
                        classes

Учитывая такую ​​структуру, вы получите JAR-файл со структурой, подобной приведенной выше. Выглядит немного безумно, но очень полезно, когда вы освоитесь.

Если вы не используете систему сборки, подобную Maven, то я понятия не имею, как настроить Eclipse. У разных IDE могут быть свои соглашения, и я всегда использовал Maven с Eclipse. Некоторым IDE нравится, например, помещать исходные коды и ресурсы Java в одно и то же дерево каталогов.