Как я могу создать в Gehpi направленный древовидный граф вместо сферического

Я хочу сделать сетевой график, который показывает распределение наших документов в нашей структуре папок.

У меня есть файл nodefile, edgefile и файл графа gephi в этом месте: s!AuVfRBdVHkO7hgs5K9r9f7jBBAUH

Что я делаю: Запускаю алгоритм ForceAtlas2 с масштабированием 10-20, отговариваю отмеченный концентратор и предотвращаю перекрытие, все остальные настройки стандартные.

То, что я получаю, представляет собой график с радиально-сферически распределенными группами. Однако то, что я хочу, - это сетевой граф, ориентированный на дерево. Кто-нибудь знает, как я могу настроить Gephi, чтобы сделать это? Спасибо!


gephi directed-graph
person PDG    schedule 02.02.2017    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
2
arrow_downward

Я только что нашел решение. Я проверил формат файла, как показано на странице «импорт файла Excel» сайта Yed http://yed.yworks.com/support/manual/import_excel.html

Это дало мне диалоговое окно импорта Yed (потребовалась целая жизнь, чтобы понять, что это всплывающее меню и его нельзя выбрать через стандартное меню). В любом случае, это сработало, и я скорректировал тестовые файлы с данными, подготовленными для Gehpi. Это было довольно просто, я мог использовать исходный идентификатор цели и т. д. Просто скопируйте и вставьте.

Я загружаю его в Yed и применяю к нему несколько алгоритмов направленной и радиальной кластеризации. Работает отлично!

Ниже вы можете найти файл узла/ребра Excel, используемый для импорта в Yed, и файл графика, который вы можете открыть с помощью Yed, чтобы увидеть окончательный радиальный результат.

https://1drv.ms/f/s!AuVfRBdVHkO7hg6DExK_eVkm5_mR

Единственное, что нужно выяснить, это как совместить вес (который представляет количество документов) с размером узла.

person PDG    schedule 03.02.2017

arrow_upward
1
arrow_downward

К сожалению, начиная с версии 0.9.0, Gephi больше не поддерживает иерархические графы. Может попробовать использовать предыдущую версию?

Другие альтернативы включают более сложное программное обеспечение, такое как Graphviz, но вам нужен .dot файл вместо .csv. Я просмотрел все, но не смог найти простой в использовании конвертер csv в dot.

Вы можете попробовать просмотреть d3-hierarchy, программу node.js, но опять же вам нужно использовать не очень удобный для пользователя npm. Если вы посмотрите на ссылку, похоже, что она может создать диаграмму, которую вы ищете.

person MikaelF    schedule 03.02.2017
comment
Спасибо за ваш ответ. Как вы сказали, я также пытался искать альтернативы. Например, Yed, я с ним не знаком. Он может экспортировать общие графические файлы из Gephi, однако, когда я попытался это сделать, это дало испорченный результат. Если вы знаете место, где объясняются требования к формату импорта для Yed, это тоже было бы полезно, но я не могу его найти. Возможно, я смогу создать дендограмму с помощью R. Но, как вы указали, к сожалению, нет стандартного файла и формата, который используется между всеми этими программами, за исключением общих графических файлов, но результат не гарантируется. - person PDG; 03.02.2017