Ошибка чтения файлов mhd с помощью SimpleITK в Python

Я снова здесь с другим вопросом, касающимся SimpleITK в python. Я хочу построить изображение .mhd, но я не знаю, как это сделать. Я пробую описанную здесь функцию Чтение формата *.mhd/*.raw в python< /а>:

load_itk('/home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd')

Но он не читает изображение:

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ReadImage: /tmp/SimpleITK-build/ITK/Modules/IO/Meta/src/itkMetaImageIO.cxx:483:
itk::ERROR: MetaImageIO(0x3a83730): File cannot be read: /home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd for reading.
Reason: Success

Я тоже пробовал с изображением scikit...

img = io.imread('/home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd', plugin='simpleitk')

но я также получаю сообщение об ошибке

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ReadImage: /tmp/SimpleITK-build/ITK/Modules/IO/Meta/src/itkMetaImageIO.cxx:483:
itk::ERROR: MetaImageIO(0x3a84280): File cannot be read: /home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd for reading.
Reason: Success

Даже с медпомощью

from medpy.io import load
image_data, image_header = load('/home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd')

Traceback (most recent call last):
  File "<pyshell#17>", line 1, in <module>
    image_data, image_header = load('/home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd')
  File "medpy/io/load.py", line 201, in load
    raise err
DependencyError: Loading images of type Itk/Vtk MetaImage (.mhd, .mha/.raw) requires a third-party module that could not be encountered. Reason: No module named itk.

Но теперь у меня есть SimpleITK. Я не понимаю, что происходит... =(


person user    schedule 24.07.2017    source источник


Ответы (2)


Является ли файл, который вы пытаетесь прочитать, действительным? Вы можете проверить это, используя какой-либо другой инструмент для отображения изображений, например. ITK-SNAP или 3D-слайсер. Если какой-либо из этих инструментов может открыть его, сообщите нам версию SimpleITK, которую вы используете.

person Dženan    schedule 24.07.2017
comment
Для файлов MHD обычно требуется заголовок mhd и необработанный файл, содержащий данные изображения. У вас есть оба файла в одном каталоге с заголовком mhd, указывающим на данные? - person g.stevo; 25.07.2017
comment
Дзенан, спасибо за ответ! Теперь он читает файл благодаря подсказке g.stevo (отсутствовал необработанный файл). Однако теперь я не знаю, как отображать изображение... (Я думаю, вы можете догадаться, что я всего лишь новичок =/) - person user; 25.07.2017
comment
Вы видели это: insightsoftwareconsortium.github.io/SimpleITK-Notebooks - person Dženan; 25.07.2017
comment
Если приведенные выше блокноты не помогают, попробуйте поискать в Google учебник SimpleITK Python и следовать чему-нибудь. - person Dženan; 25.07.2017
comment
@g.stevo Ваш комментарий должен быть ответом, так как это то, что я пропустил в моем случае. Всего наилучшего! - person Бојан Матовски; 15.11.2018

Для файлов MHD обычно требуется заголовок mhd и необработанный файл, содержащий данные изображения. У вас есть оба файла в одном каталоге с заголовком mhd, указывающим на данные?

person g.stevo    schedule 19.11.2018