ta.speot.is прав в том, что OnModelCreating срабатывает только один раз, потому что modelBuilder кэшируется. Есть несколько случаев, когда требуется повторное выполнение OnModelCreating. Например, когда в сеансах реализована мультиарендность, может потребоваться повторный запуск OnModelCreating.

Когда modelBuilder создается в первый раз, EF кэширует его для повышения производительности. он кэшируется с помощью IDbModelCacheKeyProvider.CacheKey. OnModelCreating срабатывает, когда не находит кэш, связанный с CacheKey. Поэтому, чтобы снова запустить OnModelCreating, необходимо изменить IDbModelCacheKeyProvider.CacheKey.

Чтобы изменить ключ кэша, класс DbContext должен реализовать IDbModelCacheKeyProvider. Когда возвращается новый ключ кэша, в свойстве CacheKey IDbModelCacheKeyProvider событие OnModelCreating запускается снова.

Например, см. следующий блок кода:

public class TenantContext : DbContext, IDbModelCacheKeyProvider
{
    string IDbModelCacheKeyProvider.CacheKey {
        get { return tenentID.ToString(); }
    }
    protected override void OnModelCreating(DbModelBuilder modelBuilder)
    {
        base.OnModelCreating(modelBuilder);
    }
}

Когда tenantID изменяется, OnModelCreating принудительно выполняется, поскольку кэш может быть недоступен для нового tenantID.

Примечание. CacheKey следует менять только в случае крайней необходимости. Частая смена CacheKey снижает производительность.

Руководство поможет вам!

DbContext.OnModelCreating Метод (ДбМоделбуилдер)

...

Примечания

Обычно этот метод вызывается только один раз при создании первого экземпляра производного контекста. Затем модель для этого контекста кэшируется и используется для всех последующих экземпляров контекста в домене приложения. Это кэширование можно отключить, задав свойство ModelCaching для данного ModelBuidler [так в оригинале], но учтите, что это может серьезно снизить производительность. Дополнительный контроль над кэшированием обеспечивается за счет непосредственного использования классов DbModelBuilder и DbContextFactory.

Хотя, если это возможно, вы можете изучить общий DbContext, такой как public class DataContext<TBaseEntity> : DbContext. Это приведет вас к архитектуре, в которой у вас есть один тип DataContext на тип TBaseEntity.