sed заменяет пробелы на тире только между определенными шаблонами символов

Это может сработать для вас (GNU sed):

sed -r ':a;s/(A[0-9]+(-[A-Z][0-9]+)*) ([A-Z][0-9]+)/\1-\3/;ta;s/(\(\S+(-\S+)*) (\S+( \S+)*\))/\1-\3/;ta' file

Итеративно заменяйте пробелы в необходимых строках, используя регулярное выражение и обратные ссылки.

Этот код работает хорошо

darby@Debian:~/Scrivania$ cat test.txt | sed -r 's@\s+([A-Z][0-9]+)@-\1@g' | sed ':l s/\(([^ )]*\)[ ]/\1-/;tl'
asdjfkklj lkdsjfic kdiw:A12-B34-C56 lksjdfioe sldkjflkjd
lknal niewoc kdiw:A123-B45-C678 oknes lkwid 
cnqule nkdal anotherword:(kdlklks-inlqok-mncvmnx) unqieo lksdnf

Объясните мое регулярное выражение

В первом регулярном выражении

Options

-r              Enable regex extended

Pattern

\s+             One or more space characters
([A-Z][0-9]+)   Submatch a uppercase letter and one or more digits

Replace

-              Dash character
\1             Previous submatch

Note

The g after delimiters ///g is for global substitution.

Во втором регулярном выражении

Pattern

:l             label branched to by t or b
tl             jump to label if any substitution has been made on the pattern space since the most recent reading of input line or execution of command 't'. If label is not specified, then jump to the end of the script. This is a conditional branch
\(([^ )]*\)    match all in round brackets and stop to first space found
[ ]            one space character

Replace

\1             Previous submatch
-              Add a dash

Вам нужно захватить первую буквенно-цифровую группу, используя () и вторую группу. Затем вы можете просто заменить все, используя обратные ссылки \1 и \2 :

используя sed дважды

sed -E 's/(\b[A-Za-z][0-9]+) ([A-Z])/\1-\2/g' | sed -E 's/(\b[A-Za-z][0-9]+) ([A-Z])/\1-\2/g' 

или используя perl (с lookahead (?=...)регулярное выражение не захватывает 2-ю группу)

perl -pe 's/(\b[A-Za-z][0-9]+) (?=[A-Z])/\1-/g'

\b рабочая граница
[A-Za-z] 1 буква
[0-9]+ 1 или более цифр

sed не поддерживает функции lookahead и lookbehind