Выбор квадратной подматрицы из большого файла h5

У меня есть большой файл h5 (50 ГБ). Мне нужно извлечь квадратную подматрицу из файла. Пока мой код:

import h5py
import random 

file = h5py.File('numDistances.h5', 'r')
data = file['DS1'] # 120,000 x 120,000 matrix

randomRows = random.sample(range(110000), 40000)
randomRows.sort()

# Get the rows first and then the corresponding columns:
rows = data[randomRows, :]
output = rows[:,randomRows]

К сожалению, извлечение данных таким образом происходит очень медленно. Знаете ли вы какие-либо методы нарезки/дополнительные библиотеки, которые могли бы помочь мне сделать это намного быстрее, спасибо.