Сохраненные значения отправляются в консоль через разные промежутки времени

Если вы хотите использовать StopWatch, я бы поменял местами цикл for и while. Переходите к следующей позиции только после того, как вы превысили временной интервал и записали значение в консоль. Вот примерная программа:

void Main()
{
    Stopwatch stopWatch = new Stopwatch();
    List<int> ListA = new List<int>() { 0, 154, 244, 855 };
    List<double> ListB = new List<double>() { 49.33, 49.46, 49.72, 49.64 };

    stopWatch.Start();

    for (int i = 0; i < ListA.Count; i++)
    {
        while (stopWatch.ElapsedMilliseconds < ListA[i] * 1000) 
        {
            Thread.Sleep(5); 
         }

        Console.WriteLine($"Value: {ListB[i]} TIME: {stopWatch.ElapsedMilliseconds}");
    }

    stopWatch.Stop();

    Console.ReadKey();
}

Проблемы в вашем коде:

1) for (int i = 0; i < 50000; i++)
Желательно не использовать фиксированное число для цикла for, если вы перебираете коллекцию. Размер коллекции может измениться, а фиксированное число приведет либо к исключению за пределы допустимого диапазона, либо к необработанным значениям. Используйте Count, если это List, или Length, если это массив

2) В каждой итерации вы перебираете весь массив. Это большие накладные расходы, если вы действительно хотите печатать значение за значением.

Отказ от ответственности. Цикл while в моем решении называется ожиданием занятости. На самом деле это не рекомендуется, так как ЦП занят, а на самом деле ничего не делает. Предпочтительным решением было бы использование таймера:

System.Timers.Timer timer = new System.Timers.Timer();
// register the event which will be fired
timer.Elapsed += PrintValuesAtTime;
timer.Interval = 1; // an intervall of 0 is not allowed
timer.AutoReset = true; // repeated execution of the timer
timer.Start(); // start the timer

Console.ReadLine();

Я бы сделал новый список, содержащий все отличия временных меток от ListA, которые можно использовать в качестве интервала для следующей печати. Что-то типа:

List<int> ListAIntervals = new List<int>() { 0, 154-0, 244-154, 855-244 };

а в обработчике событий Elapsed можно обрабатывать логику печати. Вам понадобится внешний счетчик для перебора вашей коллекции:

private void PrintValuesAtTime(object sender, EventArgs args)
{
    System.Timers.Timer timer = sender as System.Timers.Timer;
    // only print values if there are enough values
    if (counter < ListAIntervals.Count && counter < ListB.Count)
    {
        Console.WriteLine($"Value: {ListB[counter]}");
        // there needs to be enough intervals left to go one more time
        if (counter < ListAIntervals.Count - 1 && counter < ListB.Count - 1) 
        {
            counter++;
            timer.Interval = ListAIntervals[counter] * 1000; // to make it in msec
        }
        else
        {
            // stop the timer
            timer.AutoReset = false;
        }
    }       
}

Ваша реализация была бы намного проще, если бы вместо двух отдельных списков у вас был только один список нужного вам типа. Позволь мне объяснить:

Вы создаете класс с нужными вам свойствами:

public class YourClass
{
     public long TimeMS {get; set;}
     public Double Value {get; set;}
}

Затем вы можете просто создать List<YourClass>

List<YourClass> list = new List<YourClass>();

list.Add( new YourClass { TimeMS = 154.71, Value = 49.46 } );

Тогда было бы намного проще повторить итерацию:

foreach(YourClass c in list)
{
     //DO ALL YOUR WORK
     Console.WriteLine(c.TimeMS.ToString() + ": " + c.Value.ToString());
}