Отображение размеров узлов и добавление легенд в сети cytoscape

Я использовал пакет networkx в Python для создания нескольких сетей, каждая из которых представляет собой биологический эксперимент. Затем я экспортировал эти сети как файлы gml для визуализации в cytoscape и сравнения. В каждом файле у меня есть два атрибута для узлов, то есть количество и цвет. В cytoscape я назначаю размер узла его количеству. Однако существует огромная разница между количеством узлов, например, у некоторых количество узлов равно 100, а у других - 50 000. Я хотел бы сопоставить размеры всех узлов во всех сетях cytoscape с одним масштабом, а также иметь легенду, указывающую относительные размеры. Пример показан в правой части изображения ниже! Я надеюсь, что вы можете помочь мне!

введите описание изображения здесь

Источник изображения


person Ahmed    schedule 13.04.2018    source источник


Ответы (1)


Ответ на первую часть вопроса - построить столбец журнала (счетчика). Это должно дать вам лучший диапазон для сопоставления с размером узла.

Лучшее «транспортное» решение для создания легенды с помощью команды «Создать легенду ...» во всплывающем меню панели управления стилем. Это экспортирует графический файл, но не выполняет его должным образом. Я работаю над приложением под названием Legend Creator, которое добавит аннотации на холст для легенды. Он находится в разработке в репозитории github / cytoscape.

person adamstuart    schedule 19.04.2018
comment
Большое спасибо, Адам! Я сделал журнал подсчета, и он отлично работает. Я попытался реализовать легенду с помощью R igraph, но не смог. Итак, я просто создал легенды вручную - хотя они немного некрасивые, но пока все должно быть в порядке .. - person Ahmed; 23.04.2018