В чем разница между дополнительными каталогами Include и дополнительными каталогами #using?

#using предназначен для C++/CLI, а не для стандартного C++.

Каталог для поиска для разрешения ссылок на файлы, переданных директиве #using.

assembly_A.cpp

// compile with: /clr /LD  
public ref class A {};  

assembly_B.cpp

// compile with: /clr /LD  
#using "assembly_A.dll"  
public ref class B {  
public:  
   void Test(A a) {}  
   void Test() {}  
};  

Параметр /AI[path] задает путь поиска, где находится Assembly_A.dll.

Дополнительная официальная информация: Свойство VCCLCompilerTool.AdditionalUsingDirectories