Как я обнаружил
stream_filter_append($cin, 'convert.quoted-printable-decode');
и
stream_filter_append($cin, 'convert.base64-decode');
не декодируйте поток построчно. Обе эти функции сначала читают весь поток до EOF, а затем декодируют его данные как строку.
Есть ли способ построчно декодировать закодированные потоки в формате base64 и в кавычках?