Различный в списке‹Список‹двойной››

На самом деле вы не определяете, по каким критериям два списка считаются равными. Это означает, что .NET проверяет, имеют ли два списка одинаковые ссылки в памяти по умолчанию, потому что List равно reference type

Незаметно каждый список имеет свою память. Таким образом, в вашем списке 1205 элементов, он возвращает 1205 различных элементов.

Как ваше описание, я думаю, что ваши критерии: 2 списка, содержащих одинаковые элементы, должны быть равны.

Distinct может получить IEqualityComparer, поэтому идея такова: реализация IEqualityComparer для List<double>

class NumberDoubles: IEqualityComparer<List<double>>
{
    public bool Equals(List<double> x, List<double> y)
    {
        //Check whether the compared objects reference the same data.
        if (Object.ReferenceEquals(x, y)) return true;

        //Check whether any of the compared objects is null.
        if (Object.ReferenceEquals(x, null) || Object.ReferenceEquals(y, null))
            return false;

        if (x.Count!= y.Count)
            return false;

        //Check whether the arrays' values are equal.
        for(int i = 0; i < x.Count; i++){
            if(x[i] != y[i])
                return false;
        }

        // If got this far, arrays are equal
        return true;
    }

    // If Equals() returns true for a pair of objects 
    // then GetHashCode() must return the same value for these objects.

    public int GetHashCode(List<double> doubleArray)
    {
        //Check whether the object is null
        if (Object.ReferenceEquals(doubleArray, null)) return 0;

        //Calculate the hash code for the array
        int hashCode = 0;
        bool isFirst = true;
        foreach(int i in doubleArray){
            if(isFirst) {
                hashCode = i;
                isFirst = false;
            }
            else
            {
                hashCode = hashCode ^ i;
            }
        }
        return hashCode;
    }
}

и ваш код:

genesUsingCrossover.Distinct(new NumberDoubles());

List<T> не переопределяет Object.Equals, поэтому два объекта List<double> будут считаются равными, если они равны по ссылке. (Вот реализация Distinct<T>(), если вы хотите посмотреть, как это работает.) Похоже, вы хотите считать два списка равными, если элементы, из которых они состоят, равны. Для этого вы можете использовать перегрузку Distinct<T>() принимает IEqualityComparer<T>, который будет использоваться для определения равенства двух списков. Итак, в вашем случае вы можете предоставить реализацию IEqualityComparer<List<double>>, которая выражает вашу идею равенства списков.

Как сказал @Joe, вы должны действительно подумать: «Действительно ли мне нужно List<List<double>>, для меня это звучит как неподходящая структура для работы. Различие может выйти из коробки с HashSet (ну, не совсем в вашем случае, но в целом каждый раз, когда кто-то видит HashSet надеюсь, это звонит в колокольчик, что желательна уникальность, в то время как List<List<double>> не обязательно показывает это).

При этом я предлагаю вам следующее решение с HashSet<List<double>>

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;

public static class Program {
    public static void Main() {
        var hashSet = new HashSet<List<double>>(new ListComparer());

        hashSet.Add(new List<double> { 1.2d, 1.5d });
        hashSet.Add(new List<double> { 1.2d, 1.5d });

        Console.Write(hashSet.Count);
    }

    public class ListComparer : IEqualityComparer<List<double>> 

    {
        public bool Equals(List<double> x, List<double> y)
        {
            // your logic for equality
            return true;
        }

        public int GetHashCode(List<double> obj)
        {
           int hash = 0;
           unchecked {
               foreach(var d in obj) {
                   hash += d.GetHashCode();
               }
           }
           return hash;
        }  
    }
}

Имейте в виду, что метод Equals будет вызываться много раз, поэтому следует учитывать некоторые соображения производительности.