awk NR==FNR для синтаксиса команды

Вы можете использовать это agrep + awk решение:

srch() {
   awk -F ': ' 'NR==FNR {
      a[$1] = 1
      next
   }
   a[FNR] {
      print p
      print
      for (i=0; i<2 && getline > 0; i++)
         print
   }
   {
      p=$0
   }' <(agrep -1 -n "$2" "$1") "$1"
}

Then run it as:

srch file 'GAAATAATA'

@SRR1111111.1 1/1
CTGGANAAGTGAAATAATATAAATTTTTCCACTATTGAATAAAAGCAACTTAAATTTTCTAAGTCG
+
AAAAA#EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEA<AAEEEEE<6
@SRR1111111.3 3/1
CTATANTATTGAAATAATAATGTAGATAAAACTATTGAATAACAGCAACTTAAATTTTCAATAAGA
+
AAAAA#EE6EEEEEEEEEEEEAAEEAEEEEEEEEEEEE/EAE/EAE/EA/EAEAAAE//EEAEAA6

and this:

srch file 'TAGATAAAACT

@SRR1111111.3 3/1
CTATANTATTGAAATAATAATGTAGATAAAACTATTGAATAACAGCAACTTAAATTTTCAATAAGA
+
AAAAA#EE6EEEEEEEEEEEEAAEEAEEEEEEEEEEEE/EAE/EAE/EA/EAEAAAE//EEAEAA6'

В вашем вводе нет двоеточий (:), поэтому $1 относится ко всей строке, а ($1-1) и ($2+2) будут -1 и 2 соответственно, что означает, что ваш цикл for всегда будет выполняться ровно четыре раза (для значений i, равных -1, 0, 1, затем 2).

Внутри цикла for вы гарантируете, что a[i] существует (это a[-1], a[0], a[1] и a[2]).

Последняя часть вашего кода печатает проверяемую в это время строку (но не из первого файла благодаря next в предыдущей строфе) всякий раз, когда массив a содержит запись для номера строки этого файла. Следовательно, он печатает строки 1 и 2 из каждого входа (поскольку a[FNR] существует для FNR, равного 1 или 2).

Поскольку вам нужен приблизительный ответ и, следовательно, вы должны использовать agrep, идея, предложенная ответом Джеймса Брауна на ваш другой вопрос, имеет смысл, но его реализация (как описано выше) не работает.

Следующее решение использует попадания agrep в качестве подсказок для окружающих строк для печати рядом с попаданиями (agrep не поддерживает контекстные строки, такие как -A NUM и -B num grep, иначе мы могли бы сделать agrep -A1 -B2 -1 -n PATTERN example.fastq для более простого ответа).

agrep -1 "GAAATAATA" example.fastq | awk '
  NR == FNR { agrep_hit[$0] = 1; next }
  agrep_hit[$0] { print last_line; i = 1 }       
  0 < i && i < 4 { i++; print } 
  { last_line = $0 }
' - example.fastq

Это проверяет входной файл дважды. Первый раз использует agrep для поиска приблизительных совпадений с шаблоном, а второй использует awk для получения запрошенных строк контекста.

Когда общий номер строки в awk (NR) равен номеру строки локального файла (FNR), это означает, что мы проверяем первый ввод (-, стандартный ввод, который является выводом agrep). Мы сохраняем приблизительные совпадения шаблонов в ассоциативном массиве на потом, а затем переходим к следующей строке с помощью next (поэтому остальные команды awk работают только с более поздними входными данными).

Поскольку вам нужна предыдущая строка, мы должны напечатать ее явно. Последняя строфа кода awk сохраняет текущую строку как last_line, чтобы мы могли получить ее позже. В строке, которая была выведена agrep (и, таким образом, сохранена в нашем массиве), мы печатаем это сохраненное last_line и устанавливаем итератор i на 1.

Когда i равно 1, 2 или 3, мы увеличиваем его и печатаем текущую строку. Это напечатает совпадающую строку, а затем еще две для контекста.

с определением разделителя записей (GNU awk)

$ awk -v RS='(^|\n)@' '/GAAATAATA/{printf "%s", rt $0} {rt=RT}' file

@SRR1111111.1 1/1
CTGGANAAGTGAAATAATATAAATTTTTCCACTATTGAATAAAAGCAACTTAAATTTTCTAAGTCG
+
AAAAA#EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEA<AAEEEEE<6
@SRR1111111.3 3/1
CTATANTATTGAAATAATAATGTAGATAAAACTATTGAATAACAGCAACTTAAATTTTCAATAAGA
+
AAAAA#EE6EEEEEEEEEEEEAAEEAEEEEEEEEEEEE/EAE/EAE/EA/EAEAAAE//EEAEAA6