как создать узлы и ребра для списка генов сорго, используя идентификатор гена из Phytozome

Я использую Sorghum ID от Phytozome в своем RNAseq. Я хочу создать генную сеть с помощью цитоскейпа для определенного списка генов. К сожалению, я не мог использовать строку или другие инструменты, потому что идентификатор гена, который я использовал из Phytozome 12, не распознан. Итак, мой вопрос: как преодолеть эту проблему и создать узлы и ребра для моего списка генов ??? Заранее спасибо.


cytoscape rna-seq
person AHMED    schedule 12.02.2019    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Я не уверен, какой идентификатор вы используете. Имена транскриптов Phytozome (например, Sobic.008G038200.1) не работают, но мне удалось заставить символы «Sb» нормально работать в String. Вы также можете попытаться сопоставить символ гена (например, ACR4 для Sb08g003290). Кроме того, вам просто нужно выполнить сопоставление между именами расшифровок и более распространенным идентификатором (например, Ensembl или Entrez).

-- самокат

person Scooter Morris    schedule 15.02.2019