Я использовал VisualVM, чтобы найти, где все время тратится на конкретный вызов. Я обнаружил, что большую часть времени выполнял вызов базы данных, но profier показывает, что 85% времени приходится на java.lang.Object и только 15% — на вызов БД.
Я что-то неправильно читаю?
Столбцы с данными: Время, Время (ЦП), Вызовы. 
Похоже, что большую часть времени мы проводим в Object.wait(). Разница между Time и Time(CPU) описана во всплывающей подсказке для конкретного столбца. Время (ЦП) — это приблизительное значение реального использования ЦП, а Время — это время настенных часов. Таким образом, для Object.wait() время (ЦП) всегда равно нулю, поскольку оно только ожидает и не использует ЦП.
