Я понимаю, что Geoviews и Holoviews имеют общие атрибуты, а Hvplot предназначен для создания высокоуровневого API построения графиков для всех трех.
Сейчас, перейдя из Matplotlib, я все еще испытываю трудности с адаптацией к параметрам, необходимым для отображения растровых изображений в Geoviews или Holoviews.
Вот пример, в котором я выполняю оценку плотности ядра для пространственных данных:
# add coordinates of observations
xy_train = np.vstack([y, x]).T
print(xy_train)
# [[5654810.66920637 413645.79802685]
# [5654712.51814666 412629.87266155]
# [5656120.03682466 411642.74943511]
# ...
# [5656316.96943554 411795.80163676]
# [5656299.73356505 411795.50717494]
# [5655756.85624901 411734.34680852]]
# create mesh
xbins=100j
ybins=100j
xx, yy = np.mgrid[left_bound:right_bound:xbins,
bottom_bound:top_bound:ybins]
xy_sample = np.vstack([yy.ravel(), xx.ravel()]).T
# compute Kernel Density here
# ..
kde = KernelDensity(kernel='gaussian', bandwidth=100, algorithm='ball_tree')
kde.fit(xy_train)
# get results
z = np.exp(kde.score_samples(xy_sample))
# reshape results to mesh
zz = z.reshape(xx.shape)
# plot in matplotlib
fig, ax_lst = plt.subplots(111)
levels = np.linspace(zz.min(), zz.max(), 25)
axis.contourf(xx, yy, zz, levels=levels, cmap='viridis')
axis.plot()
plt.show()
Показывает мое изображение:
Теперь я хочу использовать среду pyviz для интерактивного отображения и наложения карты, например. используя Geoviews.
Это как-то работает, но дает мне ошибку:
xr_dataset = gv.Dataset(hv.Image((xx, yy, zz.T), datatype=['grid']), crs=ccrs.UTM(zone='33N'))
Image02195: Размеры изображения x и y не выбираются равномерно с относительным допуском 0,001. Используйте элемент QuadMesh для нерегулярной выборки данных или установите более высокий допуск для hv.config.image_rtol или параметра rtol в конструкторе изображений.
Я все еще могу отображать изображение (как-то с низким разрешением).
gv.tile_sources.CartoLight.opts(width=800, height=480) * xr_dataset.to.image(['x', 'y']).opts(cmap='viridis', alpha=0.5)
.. но когда я пытаюсь создать FilledContours в Geoviews, похоже, это работает не так, как в matplotlib:
gv.FilledContours(xx, yy, zz, levels=levels, cmap='viridis')
ValueError: аргумент kdims ожидает измерение или список измерений, заданных как кортежи, строки, словари или экземпляры измерения, а не тип ndarray. Убедитесь, что вы передали данные в качестве первого аргумента.
В документации нет подробной информации о том, как мне форматировать размеры (hv.help(gv.FilledContours)). Я думаю, что где-то заблудился, когда мне нужно создать растр из numpy xx / yy координатной сетки (hv.Image((xx, yy, zz.T), datatype=['grid'])).
Может ли кто-нибудь объяснить разницу в синтаксисе, которая требуется для matplotlib Contourf и Holoviews / Geoviews / Hvplot FilledContours?
[редактировать]
Я нашел способ рисовать контуры, но проблема с размерами сохраняется:
# get xarray dataset, suited for handling raster data in pyviz
xr_dataset = gv.Dataset(hv.Image((xx.T, yy.T, zz.T), bounds=(left_bound,bottom_bound,right_bound,top_bound),
kdims=[hv.Dimension('x'), hv.Dimension('y')], datatype=['grid']), crs=ccrs.UTM(zone='33N'))
# Error: Image06593: Image dimension(s) x and y are not evenly sampled to relative tolerance of 0.001
# create contours from image
gv.FilledContours(xr_dataset)
# plot
gv.tile_sources.EsriImagery.opts(width=800, height=480) * gv.FilledContours(xr_dataset).opts(cmap='viridis', alpha=0.5)
