plink: неизвестная опция --file/--freq/--out

Я новичок в Plink. Я запускаю Plink 1.9 на своем Mac, следуя инструкциям на веб-сайте. Почему неизвестны эти базовые параметры?

введите здесь описание изображения

Есть коды:

gongjingwen@gongjingwendeMacBook-Pro ~ % cd ~ /Users/gongjingwen/plink_mac 
~/plink_mac
gongjingwen@gongjingwendeMacBook-Pro plink_mac % ./plink
PLINK v1.90p 64-bit (30 Nov 2019)              www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2019 Shaun Purcell, Christopher Chang   GNU General Public License v3

  plink <input flag(s)...> [command flag(s)...] [other flag(s)...]
  plink --help [flag name(s)...]

Commands include --make-bed, --recode, --flip-scan, --merge-list,
--write-snplist, --list-duplicate-vars, --freqx, --missing, --test-mishap,
--hardy, --mendel, --ibc, --impute-sex, --indep-pairphase, --r2, --show-tags,
--blocks, --distance, --genome, --homozyg, --make-rel, --make-grm-gz,
--rel-cutoff, --cluster, --pca, --neighbour, --ibs-test, --regress-distance,
--model, --bd, --gxe, --logistic, --dosage, --lasso, --test-missing,
--make-perm-pheno, --unrelated-heritability, --tdt, --dfam, --qfam, --tucc,
--annotate, --clump, --gene-report, --meta-analysis, --epistasis,
--fast-epistasis, and --score.

"plink --help | more" describes all functions (warning: long).
gongjingwen@gongjingwendeMacBook-Pro plink_mac % plink --file toy --freq --out toy_analysis
plink: unknown option "--file"
plink: unknown option "--freq"
plink: unknown option "--out"

Пожалуйста, скажите мне, как это решить QAQ Спасибо и!!!!!


plink
person Jingwen Gong    schedule 03.12.2019    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Я думаю, что проблема здесь в том, что есть две разные программы под названием plink:

  1. Утилита подключения из командной строки plink
  2. Инструментарий GWAS plink

Вызывая plink, вы выполняете первый, чтобы запустить второй, вам нужно вызвать ./plink (обратите внимание на точку и косую черту).

Итак, в вашем случае должна работать следующая команда:

./plink --file toy --freq --out toy_analysis
person mrhd    schedule 03.12.2019