Я пытаюсь написать скрипт Python3, который выполняет глобальное выравнивание двух последовательностей длиной ~ 10 КБ и 11 КБ. Оба очень похожи друг на друга. (Я пытаюсь найти несколько точек, где они не совпадают, одна из которых, как мне известно, близка к концу последовательности запроса, поэтому локального выравнивания недостаточно (BLASTN просто обрезает последние 2 базы, чтобы получить лучший показатель выравнивания))
Я надеялся, что смогу использовать для этого BioPython, в частности Align.PairwiseAligner. Однако я получаю MemoryError.
Есть ли способ настроить или использовать BioPython для использования меньшего объема памяти (большее время выполнения совершенно нормально — в разумных пределах, конечно)? Или любой другой способ выполнить глобальное выравнивание двух последовательностей, который я могу использовать, не прибегая к внешнему программному обеспечению, такому как Emboss Needle?
(Это часть более крупного программного обеспечения. Мне уже нужно поставлять BLAST и BioPython. Я бы предпочел не поставлять еще одно программное обеспечение, если этого можно избежать.)
Вот MVCE:
from Bio import Align
ref_seq = "GAAAGACCTGAAAGATCACGGTGCCTTCATTTCAACTGTGAGACATGAAGTAATTTTCCCAAATCTACAACATTAAGATATGGTGCAATAAGGACCAGATTAAAGGTCTCCTGATTTGCGGCCATGTTCCCTCCATCTCCTTTACTCCTAAACACACTCACACTCACTACTGCAAATAGTTGTCTTGTCAAGTGGGAAATGAATGCTCTTACAAGGCTCAAACTTGTGAACACATCACTGACCAGCACAGAGCTGGCTACAATAGCTCCCCAATTAAGGTGTTTTACATGCAACTGGTTCAAACCTTCCAAGTGCTAAATTAAAACAATCCTTTAAAGAAGGAAATTCTGTTTCAGAAGAGGACCTTCATACAGCATCTCTGACCAGCAACTGATGATGCTATTGAACTCAGATGCTGATTGGTTCTCCAACACGAGATTACCCAACCCAGGAGCAAGGAAATCAGTAACTTCCTCCCTATAACTTGGAATGTGGGTGGAGGGGTTCATAGTTCTCCCTGAGTGAGACTTGCCTGCTAAGCTGGCCCCTGGTCCTGTCCTGTTCTCCAGCATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATCCTAGCGCTGACAGTGACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGACGTAAGTGCACATTGCGGGTGCTGAGCTACTATGGGGTGGGGAAAATAGGGAGTTTTGTTAACATTGTGCCCAGGCCATGTCCCTTAAGAAATTGTGACGTTTTCTTCAGAGATTGCCCATCTTTATCATTGGATCCCAAATTATTTCCTCCATAAAAGGAGCTTGGGTACTTGCCCTCTTCATGAGACTTGTGTAAGGGGCCTTTGCACAAGTCATTTCTTTTCAAATCTCCACCAATAAAACCTTTGCATCACATGTCCTCAGGGTCTTTAGAGGATTTAGAAATAAGGATTCTAAAATAAATTCCCCATACAGCACTTCCCTTTATTATGTTGACTTATGTCAGACAAAAGGAGGTTCTTACTGAAAATTTTGTGGGAGTCAAGGGAATTCAAAGGGTCTCTCCTAGACGATCCAGTGTTAGGTTCCCCACAGGACCTTTGGTGTTGGCCATAGTCCTCATATGTGAGGATGGACCCAGTGGCCTCCCCATTATCTCCTTTCTTTTCTTGCTGAACTCCAATGTTTATAAGGCCTGTATCCCTGTAGCGTATGTAGGTTCTCTGACAGAAGTTATACTTAGTGCTCTTCCTTTCTTGTGGGGAAAAGTCCCTGGAACTGAAGCTGAGATTGTTAGTACTTGGAGTCACCTTACAGATACAGAGCATTTATGAGGTATTCTTTGGTGCCTAAAGAACTTAAGGCATCCTCTGAAAAACTAGCCCAGGTTCGTGTTCATTATGAATCTTTTTTAACCTTTCTGTACTTGTTTCTCTTGCATCTCCTATGTGCTCTAACTAGACATGACAGAAGAGATTTAACTAATGTATAAATTATATGAAATTCTATTTTTTAAGTCAAAAATAATCAACTATCAGAAATTTAATAATGTTCAAACTATATACTCTGTGTGGGGTTACCGAGATGATGTGAACATTGTTCACGTCTCATAGGGCTGAAAGTCAATGGGCAAGTCTTGGGAACTCATTGTCTTACTGGGGTCTTGTCCTAAATTTCCTAGGTTCACCCATCATGCCCTCAGCTTTCCTTAACTAGCCATGTCTGCTTACCTCTTCCTCCAGTTTCTATTTTTCCCCAGCTATGTTGTCATCATTTCCAGAAATCTCTAAAGCTTGCACAGAACCTTAGCACTATGCGATTCATTGAAAGAGACTTTTTTTCTCTTTTTGAGGTAGGGCCTGGCTCTGTCACCCAGTCTATAGCTCAGTGGTGTGATCGAGGCTCACTGCAACCTCTGCCACCCATGCTCAAGTGATCCTCCCTCCTCAGGCTCCAGAGTAGCTGGGAATACAGGCAGGCAACCACGCCCAGCTAATTTTTGTAATTTTGGTAGACATGAGATTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTAAACTGCTGGTTTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAACATGCTAGGATTATAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGGCAAAAAGAAATGACTCTTAATAAAAAAATTTCCTTTTTCTTAAATCACTGTTTCTTTATCTGTGAATTCTTCTTCCAACTAGAAGGAGGAGAAAAAAGAAGTTTGCCTGTATTTCTCACCAGGAGGAGAAGGGGTCTAGTGTGACATTAAAATGAAAGGGTGCTGGAGCTTGAGCCCCTTCTTGCTTTCCAGGATCCCTACAGTGATCAGTTCCCATACCCTGGTTTATTCATGTAAACCACACTTATTTTTCTCAGCAGCTACTCTTTACTGGGCTCCATTCTAGGTTCAAATCATTCTATTTGATTAAGTTAGAGAGCGTCCCTACTCTCATGGAAGTTACACAAGAGTAGAGGAGACAGACACTAACCCAATAAGCATTTAACAAAGAAGATAATGTTAGAGAGTCATAGTGCACTGAAGAAAAGACATCAGGTTTGTGAAAAAGAGAGACATGGATTCACCTACTTTAGTTCATATGTTAGGGAGCTCCACCTGAGAAAGTGACATTCAGCTGAGACAACAAAATAAGTAGACAGTCGTGAAGATCTAAGGGATGAAAGTTCCAGGGAGACCAAATGGCGGGAAAGCCCTGGTGTGGGAAACTATGTGGAGGGAGAGAAAGAAAGCTAGAGGGGCTGAAGTATAGAAAGCAACGAAATGGAGAGGCAGAAGATGAGGTAGGACACAGAGAGGAAGTCAGGAGCCTCATCATTATAGGCTCTGATGTCCACGGTAAAAAAAATTTGAATTTTATTATTTATTTACCTATTTATTTGTTTATTTATTTTATTTTATTTTGTGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTAGATGGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAATTAGCTGGGGCCACAGGTGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGATAGGATTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTATATTCAATTTTTAAAACTAATTCTAGCTACTCTGTGGGGATTGGATTGTTGGGGTTCACCAGTGGTTAGGAAGACTATTTAGGAGCACAGCAGGGAATTCTCCAGGGAAAACAAGCTTGTGGCTTCATGGAGTGCATTAGTGATAAAGACGGTGAAGAAGATAAAGTGGACAGACTCGGCATGTATTTTTGCTTAGCTTGTTAATGAATTACTGTAAAGGGGGTAGAGCTTATTCCTAAGGATTTTCTTTTGACAAATAAGTGGGTGGTAGTGTTGTTTATTGAGATAGGAAAAACTATGGGAGGAAATGATTTGAAGTGGGTGGTTTGAAATAAAAGTTTTGTTTAAATATGAGATGATTGACTGACATTTATGTGGAGCAATCAGAAGGTCAATGGCATTTAAGAGACTCATGGTGAGGCTAGGGCTTCAGGTATTTATGTTGGAGGCATCAATACGTGTAGTGTGTTAAATTCCAGGGAGTGGAAGAGGATACATAGGGAGATGGATTGTGTGGAGAAACAAGAAGAGGGCACAGGCCAGCAAAGGGGGCTGAGAAAGAGCCCAGGGATGTTGGAGAAAAACCAAGAGAACATCATGTATGTAAGTCAAGGAAAACAGATTTTTTTCAAGGAGAAGGGAGAGGCCAATTGTGGTGAGTACCACTAAGAGGAGGGGGAAGTGAGAATATGACAGAGAAGCAAGTGCTGGGATTGGTGGAGTTGATATTTGCAGTCAATGGAGTATCCAGGGAGGAAACTGGATTGGACCATTTGGAGAGCAAATAAAAGTGAGGACGAGGTTAAGGTTGACTGTTCTGTGTAGAGAGCTTCAGGGAAGGATTGTTCTCTGGGTTCAGGGAGCCAGCTGAACCTAAAGGAAAAGGCTAAAGAAGCTGAAGAGAAGGAGGAGGACCTGTGAACCAGAGATGCTCAGCCATTATTAGCAAGGAAATACAAGAGAGCCCCTGTGTGCAGTGGTGACTACTCATGCAAAATGTCACACAGCCAATATTTAACACAGCCAGGATTTCACACAGCCAATATTTATTAGTGACATAGAATATATTTGTTATTGCTCTAGGTCATGAGAATGGAGTGACAAAATGAATCCGGTCGCCATCAGTATATGCCACATAACATTTTGCAGTGACTGTGTGCCAGGCCTATGAATTTCAGTATTCAATTTCAATAATGATCCTGTTGTATCTGTGGTATTTAAAAACATATACATCTCTGTAATCTAAAATTGAGAGGTTATAAGTAAAACCCAGTATTACAAATTTAGTGCTGGAAATTGATTGCAGTTTAAATCTGAGCATATAGAAAGTCCCTTTCTTCTATGTCAGCAGATGCCTTTTGTGTGAGGTTTAGGTATACTGCATTATTAGACATAAACCAGTGTTTCTGCCCTATGTTTTCAGAATGACAATTCTTTATGAAACTAATAGAAGAACAGAAGACAATTGCAAAATCATGATGAAGATACTAATTGCTTTAGAATTAAGGAATACAAATAATGTGAGCTGCAGTTATAGGGATCAAAAAAGTTACAATGGGAATGTATTTGAGTGTTTATTATGTGATCAGTGCTAAGAAGTGTCATCATTTAATTTTACACTTAACAGTAATCCTGTGAGGATTATGCTATTATTAAATGCACTTGATACATTACAAAAAGGCTTATGGTTGATATAAATTGACCCAAGTAGAAGAGATCATGTTTTTATTCAGGTTTTCTGATTCTAGAGTTTGAGAGTTTGACCATCATTAGTGAG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query_seq = "GAGTGAGACTTGCCTGCTAAGCTGGCCCCTGCTCCTGTCCTGTTCTCCAGCATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATCCTAGCGCTGACAGTGACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGACGTAAGTGCACATTGCGGGTGCTGAGCTACTATGGGGTGGGGAAAATAGGGAGTTTTGTTAACATTGTGCCCAGGCCATGTCCCTTAAGAAATTGTGACGTTTTCTTCAGAGATTGCCCATCTTTATCATTGGATCCCAAATTATTTCCTCCATAAAAGGAGCTTGGGTACTTGCCCTCTTCATGAGACTTGTGTAAGGGGCCTTTGCACAAGTCATTTCTTTTCAAATCTCCACCAATAAAACCTTTGCATCACATGTCCTCAGGGTCTTTAGAGGATTTAGAAATAAGGATTCTAAAATAAATTCCCCATACAGCACTTCCCTTTATTATGTTGACTTATGTCAGACAAAAGGAGGTTCTTACTGAAAATTTTGTGGGAGTCAAGGGAATTCAAAGGGTCTCTCCTAGACGATCCAGTGTTAGGTTCCCCACAGGACCTTTGGTGTTGGCCATAGTCCTCATATGTGAGGATGGACCCAGTGGCCTCCCCATTATCTCCTTTCTTTTCTTGCTGAACTCCAATGTTTATAAGGCCTGTATCCCTGTAGCGTATGTAGGTTCTCTGACAGAAGTTATACTTAGTGCTCTTCCTTTCTTGTGGGGAAAAGTCCCTGGAACTGAAGCTGAGATTGTTAGTACTTGGAGTCACCTTACAGATACAGAGCATTTATGAGGTATTCTTTGGTGCCTAAAGAACTTAAGGCATCCTCTGAAAAACTAGCCCAGGTTCGTGTTCATTATGAATCTTTTTTAACCTTTCTGTACTTGTTTCTCTTGCATCTCCTATGTGCTCTAACTAGACATGACAGAAGAGATTTAACTAATGTATAAATTATATGAAATTCTATTTTTTAAGTCAAAAATAATCAACTATCAGAAATTTAATAATGTTCAAACTATATACTCTGTGTGGGGTTACCGAGATGATGTGAACATTGTTCACGTCTCATAGGGCTGAAAGTCAATGGGCAAGTCTTGGGAACTCATTGTCTTACTGGGGTCTTGTCCTAAATTTCCTAGGTTCACCCATCATGCCCTCAGCTTTCCTTAACTAGCCATGTCTGCTTACCTCTTCCTCCAGTTTCTATTTTTCCCCAGCTATGTTGTCATCATTTCCAGAAATCTCTAAAGCTTGCACAGAACCTTAGCACTATGCGATTCATTGAAAGAGACTTTTTTTCTCTTTTTGAGGTAGGGCCTGGCTCTGTCACCCAGTCTATAGCTCAGTGGTGTGATCGAGGCTCACTGCAACCTCTGCCACCCATGCTCAAGTGATCCTCCCTCCTCAGGCTCCAGAGTAGCTGGGAATACAGGCAGGCAACCACGCCCAGCTAATTTTTGTAATTTTGGTAGACATGAGATTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTAAACTGCTGGTTTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAACATGCTAGGATTATAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGGCAAAAAGAAATGACTCTTAATAAAAAAATTTCCTTTTTCTTAAATCACTGTTTCTTTATCTGTGAATTCTTCTTCCAACTAGAAGGAGGAGAAAAAAGAAGTTTGCCTGTATTTCTCACCAGGAGGAGAAGGGGTCTAGTGTGACATTAAAATGAAAGGGTGCTGGAGCTTGAGCCCCTTCTTGCTTTCCAGGATCCCTACAGTGATCAGTTCCCATACCCTGGTTTATTCATGTAAACCACACTTATTTTTCTCAGCAGCTACTCTTTACTGGGCTCCATTCTAGGTTCAAATCATTCTATTTGATTAAGTTAGAGAGCGTCCCTACTCTCATGGAAGTTACACAAGAGTAGAGGAGACAGACACTAACCCAATAAGCATTTAACAAAGAAGATAATGTTAGAGAGTCATAGTGCACTGAAGAAAAGACATCAGGTTTGTGAAAAAGAGAGACATGGATTCACCTACTTTAGTTCATATGTTAGGGAGCTCCACCTGAGAAAGTGACATTCAGCTGAGACAACAAAATAAGTAGACAGTCGTGAAGATCTAAGGGATGAAAGTTCCAGGGAGACCAAATGGCGGGAAAGCCCTGGTGTGGGAAACTATGTGGAGGGAGAGAAAGAAAGCTAGAGGGGCTGAAGTATAGAAAGCAACGAAATGGAGAGGCAGAAGATGAGGTAGGACACAGAGAGGAAGTCAGGAGCCTCATCATTATAGGCTCTGATGTCCACGGTAAAAAAAATTTGAATTTTATTATTTATTTACCTATTTATTTGTTTATTTATTTTATTTTATTTTGTGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTAGATGGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAATTAGCTGGGGCCACAGGTGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGATAGGATTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTATATTCAATTTTTAAAACTAATTCTAGCTACTCTGTGGGGATTGGATTGTTGGGGTTCACCAGTGGTTAGGAAGACTATTTAGGAGCACAGCAGGGAATTCTCCAGGGAAAACAAGCTTGTGGCTTCATGGAGTGCATTAGTGATAAAGACGGTGAAGAAGATAAAGTGGACAGACTCGGCATGTATTTTTGCTTAGCTTGTTAATGAATTACTGTAAAGGGGGTAGAGCTTATTCCTAAGGATTTTCTTTTGACAAATAAGTGGGTGGTAGTGTTGTTTATTGAGATAGGAAAAACTATGGGAGGAAATGATTTGAAGTGGGTGGTTTGAAATAAAAGTTTTGTTTAAATATGAGATGATTGACTGACATTTATGTGGAGCAATCAGAAGGTCAATGGCATTTAAGAGACTCATGGTGAGGCTAGGGCTTCAGGTATTTATGTTGGAGGCATCAATACGTGTAGTGTGTTAAATTCCAGGGAGTGGAAGAGGATACATAGGGAGATGGATTGTGTGGAGAAACAAGAAGAGGGCACAGGCCAGCAAAGGGGGCTGAGAAAGAGCCCAGGGATGTTGGAGAAAAACCAAGAGAACATCATGTATGTAAGTCAAGGAAAACAGATTTTTTTCAAGGAGAAGGGAGAGGCCAATTGTGGTGAGTACCACTAAGAGGAGGGGGAAGTGAGAATATGACAGAGAAGCAAGTGCTGGGATTGGTGGAGTTGATATTTGCAGTCAATGGAGTATCCAGGGAGGAAACTGGATTGGACCATTTGGAGAGCAAATAAAAGTGAGGACGAGGTTAAGGTTGACTGTTCTGTGTAGAGAGCTTCAGGGAAGGATTGTTCTCTGGGTTCAGGGAGCCAGCTGAACCTAAAGGAAAAGGCTAAAGAAGCTGAAGAGAAGGAGGAGGACCTGTGAACCAGAGATGCTCAGCCATTATTAGCAAGGAAATACAAGAGAGCCCCTGTGTGCAGTGGTGACTACTCATGCAAAATGTCACACAGCCAATATTTAACACAGCCAGGATTTCACACAGCCAATATTTATTAGTGACATAGAATATATTTGTTATTGCTCTAGGTCATGAGAATGGAGTGACAAAATGAATCCGGTCGCCATCAGTATATGCCACATAACATTTTGCAGTGACTGTGTGCCAGGCCTATGAATTTCAGTATTCAATTTCAATAATGATCCTGTTGTATCTGTGGTATTTAAAAACATATACATCTCTGTAATCTAAAATTGAGAGGTTATAAGTAAAACCCAGTATTACAAATTTAGTGCTGGAAATTGATTGCAGTTTAAATCTGAGCATATAGAAAGTCCCTTTCTTCTATGTCAGCAGATGCCTTTTGTGTGAGGTTTAGGTATACTGCATTATTAGACATAAACCAGTGTTTCTGCCCTATGTTTTCAGAATGACAATTCTTTATGAAACTAATAGAAGAACAGAAGACAATTGCAAAATCATGATGAAGATACTAATTGCTTTAGAATTAAGGAATACAAATAATGTGAGCTGCAGTTATAGGGATCAAAAAAGTTACAATGGGAATGTATTTGAGTGTTTATTATGTGATCAGTGCTAAGAAGTGTCATCATTTAATTTTACACTTAACAGTAATCCTGTGAGGATTATGCTATTATTAAATGCACTTGATACATTACAAAAAGGCTTATGGTTGATATAAATTGACCCAAGTAGAAGAGATCATGTTTTTATTCAGGTTTTCTGATTCTAGAGTTTGAGAGTTTGACCATCATTAGTGAGTAGTGACTATATTGTGTCTGAATTATTGACAGAATTTCTGATATTCATATGTACCAGGTTGTTTCTTAGAGTGGGAGCAGAGATGCAAGGGCTGCTAGTTCCGATGTGTAGGAGAAACTATCATTCATTTTGCATTTATCATTTTAAACGTTCTATATGTCTATCCTGGGCATGTGTTGAAGAACACAAGGAAGTATTAAATCACTCCTTCTTCTGAAGTTTGACTGGCAAAATTGGGCTAGAGTTACGAAATAAAATACAGGTTCCTAGTGAAATCTGAATTTCAGATACACAACCATAATTTATTGGAAATCCAAATTTAACTGGATATCTTCTATTATTCTCTGTTCTAGAACTCCACACTTCTAACATTTCTCATTCCTGTCTAAGCTCTTGTGTGTTTGGTTTTTGGCCATCGCTTTCACTGCTCTTTAAGCTCCCCCAGTAGAGTGGAGAGGTCTGTTTTCCCTCGTTTGGATTCCTACAGGCAGCGCAGGCCTGGCACAAGGTCATCACTAAGGAAGTGTTCACAGGGTGAAGGCGGTGGGTGCTGTTGAAGGAACCGGTAAAGCCTGTGGGATGAGAGAAGGAGCAGAGAGTGTTTTTGGGGTGGAGGCTCCCAGGAGGAGGCGGGACGGGCTGCGGTGCTGGGCGGATCCTCCTCCAGCTCCTGCTTGGAGGTCTCCAGAACAGGCTGGAGGCAGGGAGGGGGTCCCAAAAGCCTGGGGATGAGAAGGGGTTTTCCCGCATGGTCCCCCAGGCCCCCGTTCGCCTCAGGAAGACGGAGGATGAGCTCCTGGGCTGCTGGTGGTGGGCGTTGCGGGTGGGGCCGGTTAAGGTTCCCAGTGCCCGCACCCTGCCCAGGGAGCCCCGGATGGTGGCGTCGCTGTCAGTGTCTTCTCAGGAGGCTGCCCGTGTGACCGGATCCTTCGTGTCCCCACAGCACGTTTCTTGTGGCAGCTTAAGTTTGAATGTCATTTCTTCAATGGGACGGAGCGGGTGCGGTTGCTGGAAAGATGCATCTATAACCAAGAGGAGTCCGTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTACCGGGCGGTGACGGAGCTGGGGCGGCCTGATGCCGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACCTCCTGGAGCAGAGGCGGGCCGCGGTGGACACCTACTGCAGACACAACTACGGGGTTGGTGAGAGCTTCACAGTGCAGCGGCGAGGTGAGCGCGGCGCGGGGCGGGGCCTGAGTCCCTGTAAGCGGAGAATCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGAAAGAGAGAGAGCGCGCCATCTGTGAGCATTTAGAATCCTCTCAATCCCCAGCAAGCAGTTCTGAGAGCACAGGTGTGTGTGTAGAGTGTGGATTTGTCTGGGTATGTCTGTTGTGGGAGGGGAGGCAGGAGGGGGCTGATTCTTATCCTTGGAGACCTCTGTGGGGAGGTGACAAGGGAGGTGGGTGCTGGGGGCTGGAGAGAGAGGAGACCTTGATTGTCTCGGGTCCTTAGAGATGCGGGGAAGGGAAATGTAAGGGGTGTGTGATTGGGGTGAAGGTTTAGGGGAGGACTGCTGAGGGGTAAGGAAGGTTTGGGATAATGTGAGGAGGCCGGTTCCAGACTCTCCCTGGCATACACCCTTCGTGTAATCTCTGAAATAAAAGTGTGTGCTGTTTGTTTGTAAAAGCATTAGATTAATTTCTAGAGGAACTGAGTAGACCTCTGAGGCACTCCTGAAGCTTCTTTATATCTAAATTTCTTGCTAGTTTTTTGGGTTTTTTTAGTGTGTATATTTTTACATAGTAGAAATGACTGTGAAACTAACTTTTTGAATTAAAGTTTTAACACAGTTACTATTTTATTATAATGCTAGTTTTCTAGTAGTTACATATTATTCTTTTATATATAATAGTTATGACACAACTCACCTCACTTTCCCCTTTGTTGACCTTTATTATGACATTCACCAAAAGTTGAAAATGTATGTTTCTGGTTAATTTTTAATTTATATTTTTTATTTGTAATTGCTTTGAATTATTTTGACCTATTTATTGGCGGATTATAATTATTGCTCTAAGAATTCCCTATTGTATTTGGTAGGCAATGGACAATGATCTATGGTCTGATATCTTGAGGGCTTAGTATTTTTCTCAGTGACTTTGTGGGTTCTTTGTGCTATAAGATTATTAACACTTTATTGATATTTGATCCAGCATTTGCTTCAGTTTGTGGTTTGTATGTGGATTTTGAAAGTTCTTTTCCATGTTAAGAATTTGAACTTTTTATTTAATAAAATATATTGCAAAATTTTTATTAATGATTTACAATCCATCTTAAATCTGCCATTTTGTGGCATTGTTGTCTCCAGGTTCCTCCTTACTTCTAAAAAAAATAGTTGTATTTATTGAGAGTATGCTAGTGTTGGGGATTTTCCTGGGCATAAGCACCCCAAGTAACAAGTCCCAGACACTGCCTTAATCCAAATGTGACTCTGGAAAGAAAAATCATTTTACAATGATAGGCCTAATAATAATTATGCTTGTGTTACACGGGAGATGCATTGATCAGCTAAATGTAAATATAAGAACTTTCAAAACTAAAATGACATTCCCTAATCCTTTTCTCTGCTTCGGGACTCATGCTTTTCTAGGAACGTAAAAATTTGGAGAATCATTTCTGTCTGTCCCACATTCCCAGGGGCAGAACAATTTCTGTTTTGTTCTAAGGTGTGAGTGCATGGCAGTAGTATTCCTAAAATTCATACTCGGTTTCCTCATGTACCCAATTCTGTCCCTTTATCTATGCATATTTCTTTAAATCATATTTTTCTGTCATGGGGTACAAGGATGATAAATAGGTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGATGAGCGCCCTCACAGTGGAATGGAGTGAGAAGCTTTCTGACCTTATAAACTGAAGGCTATCTTCAGTCATTGTTTTATATATTTTACATGCATTAATCCTCATATAACCCCAAGAGGTAAATTAGTATAATTATCCTTCATTGTAGGTGACAAAGTTGAGACACAGAAGAATCAAAAAACTCTTCCAGGATCAACCAGTAAAAGGCAGACCTTGGATTCGAACCAAGCAACCTGGCTCAAATATCAGTTTTAATTACTACACTCTATACTTTCCAAGATTTGTAAACAGTTTGACAATGCATGCCAATTTAAAGCTATGAAGAAACAAACACAATTTTTCACAACACCTCTCAAATCTAATGGGTCCTCACTGTCAAGATTAAATTCCAGGCTGATGACACTGTAAGGTCACATGGCCAGCTGTGCTATAGGCCTGGTCAAGGTCAGAGCCTGGGTTTGCAGAGAAGCAGACACACAGCCAAACCAGGAGACTTACTCTGTCTTCCTGACTCATTCTCTCTACATTTGTTTTCTCCTAGTTGAGCCTAAGGTGACTGTGTATCCTTCAAAGACCCAGCCCCTGCAGCACCACAACCTCCTGGTCTGCTCTGTGAGTGGTTTCTATCCAGGCAGCATTGAAGTCAGGTGGTTCCGGAACGGCCAGGAAGAGAAGGCTGGGGTGGTGTCCACAGGCCTGATCCAGAATGGAGATTGGACCTTCCAGACCCTGGTGATGCTGGAAACAGTTCCTCGGAGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGACGAGCCCTCTCACAGTGGAATGGAGTGAGCAGCTTTCTGACTTCATAAATTTCTCACCCACCAAGAAGGGGACTGTGCTAATCCCTGAGTGTCAGGTTTCTCCTCTCCCACACCCTATTTTCATTTGCTCCATGTTCTCATCTCCATCAGCACAGGTCACTGGGGGTAGCCCTGTAGGTGTTTCTAGAAACACCTGTACCTCCTGGAGAAGCAGTCTCACCTGCCAGGCAGGAGAGACTGTCCCTCTTTTGAACCTCCCCATGATTTCGCAGGTCAGGGTCACCCACTCTCCCCAGGCTCCAGGCCCTGCTTCTGGGTCTGAGACTGAGTTTCTGGTGCTGTTGCTCTGAGTTATTTTTTGTGATCTGGGAAGAGGAGAAGTGTAGGGGCCTACCTGACATGAGGGGAATCCAATCTCAGCCCTGCCTTTTATTAGCTCTGTCACTCTAGACAAACTACTTAGCTTCATTGAGTCTCAGGCTTTCTGTTGATCAGATGTTGAACGCTTGCCTTACATCAAGGCTGTAATATTTGAATGAGTTTGATGTCTGAACATCGTAACTGTTCAGCGTGATTTGAAATCCTTTTTTTCTCCTGAAATGGCTAGTTATTTTAATTCTTGTGGGGCAGGCTTCTGCCCCATTTTCAAAGCTCTGAATCTTAGAGTCTCAATTAAAGAGGTTCAATTTGGAATAAGCATCACTAAACCTGGATTCCTCTCTCAGGAGCACGGTCTGAATCTGCACAGAGCAAGATGCTGAGTGGAGTCGGGGGCTTCGTGCTGGGCCTGCTCTTCCTTGGGGCCGGGCTGTTCATCTACTTCAGGAATCAGAAAGGTGAGGAGCCTTTGGGAGCTGACTCTCTCCATAGGCTTTTCTGGAGGAGGAACCATGGTTTTGCTGAGAGGTTAGTTCTCAGTATACGAGTGGCCCTGAATAAAGCCTTTCTTTCCCCAAACGGCTCTAATGTCCTGCTAATCCAGAAATCATCAGTGCATGGTTACTATGTCAAAGCATAATAGCTTGTGGCCTGCAGAGACAAGAGGAAGGTTAACAAGTAGGGGTCCTTTTGTTTGAGATCCTGGAGCAAATTAAGGAAGAGCCACTAAGGCTAATGGAATTACACTGGATCCTGTGACAGACACTTCAGGCTTCATGGGTCACATGGTCTGTCTCTGCTCCTTTCTGCCCCTTTCTGCCCTGGTTGGTGCGGGTTGTGGTGTTAGAGAAATCTCAGGTGGGAGATCTGCGGCTGGGACATTGTGTTGGAGGACAGATTTGCTTCAATAACTTTTAAGTGTATTTCTTTTCCTCTTTTTCCCAGGACACTCTGGACTTCAGCCAACAGGTAATACCTTTTAATCCTCTTTTAGAAACAGACACAGTTTCCCTAGTGAGAGGTGAAGCCAGCTGGACTTCTGGGTGGGGTGGGGACTTGGAGAACTTTTCTTACAAGAGGTTTCTAAATGCCCCAATCAGTGCTTTGTAAAAACACACCAATAGGTTCTCTGTGGCTAGCTGGATGTTTGTAAAATGGACCAATTTGCACTCTGTAAAATGGACCAATCAGCATTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTTTTAAAATGGGCCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCTGCAGGACATGGGCAGGGACAAATACAGGAATAAAAGCTGGCCACCCCAACCAGCAGTGGCAACCCACTCAGGTCCTCTTCCCTGCTGTGGAAGTTTTGTTCTTTTGATCTTCACAATAAATCTTGCTGCTGCCTACTCTTTGGGTCCCTGCCGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCACTGTGAAGGTCTGCTTGAAGTCAGCGAGACCACAAACCCACTGGAAGGAACAAACTGCGGACACACTAGAATGATGGTAGAGGTGATAAGGCATGAGACAGAAATAATAGGAAAGACTTTGGATCCAAATTTCTGATCAGGCAATTTACACCAAAATTCCTCCTCTCCACTTAGAAAAGGGCTGTGCTCTGCGGGACTATTGGCTCAGGGGAGACTCAGGAACTTGTTTTTCTGCTTCCTGCAGTGCTCTCATCTGAGCCCTTGAAAGAGGAGAAAAGAAACTGTTAGTAGAGCCAGGTTGAAAACAACACTCTCCTCTGTCTTTTGCAGGATTCCTGAGCTGAAATGCAGATGACCACATTCAAGGAAGAACCTTCTGTCCCAGCTTTGCAGGA"
aligner = Align.PairwiseAligner()
aligner.match_score = 2
aligner.mismatch_score = -3
aligner.open_gap_score = -5
aligner.extend_gap_score = -2
aligner.query_right_open_gap_score = 0
aligner.query_left_open_gap_score = 0
aligner.query_right_extend_gap_score = 0
aligner.query_left_extend_gap_score = 0
alignments = aligner.align(ref_seq, query_seq) # <= this is where the MemoryError occurs
for a in sorted(alignments):
print(a)
Это Python 3 для Windows 10. Версия Biopython — 1.72.
Изменить: и вот трассировка:
Traceback (most recent call last):
File "C:/foo/temp.py", line 15, in <module>
alignments = aligner.align(ref_seq, query_seq) # <= this is where the MemoryError occurs
File "C:\Program Files (x86)\Python36\lib\site-packages\Bio\Align\__init__.py", line 1352, in align
score, paths = _aligners.PairwiseAligner.align(self, seqA, seqB)
MemoryError: Out of memory